针对您提出的“公司注销发生在违法行为之后怎么处理”的问题，这是一个涉及法律责任的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律责任不会因公司注销而消失

首先，需要明确的是，公司注销并不意味着其法律责任的终结。如果公司在运营期间存在违法行为，即使后续进行了注销，相关责任人和主体仍需根据违法行为的性质承担相应的民事责任、行政责任或刑事责任。

二、民事责任方面

1. 若公司清算时已依法履行通知和公告义务：

   • 在这种情况下，如果公司在注销前已按法定程序进行清算，并清偿了所有已知债务，那么注销后发现的违法行为所产生的民事责任，通常由股东以其在公司剩余财产分配中所取得的财产为限承担清偿责任。这是基于《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》的相关规定。

2. 若公司清算时未依法履行通知和公告义务：

   • 如果公司未按规定履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，那么清算义务人（如股东、董事等）需对债权人承担赔偿责任。这是根据《公司法》第一百八十五条的规定，清算组需在规定时间内通知债权人并公告，未履行此义务将承担相应责任。

三、行政责任方面

• 公司注销并不影响行政机关对其存续期间的违法行为进行调查和处罚。行政机关有权依法对公司及相关责任人作出行政处罚决定，如罚款、吊销许可证等。即使公司已注销，行政机关仍可追究法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行政责任。

四、刑事责任方面

• 如果公司违法行为构成犯罪，即使公司已注销，司法机关仍会追究相关责任人的刑事责任。在单位犯罪的情况下，除对单位判处罚金外，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。尽管公司注销可能增加证据收集和调查的难度，但司法机关会通过调取工商登记档案、财务账目等方式，尽可能还原案件事实，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

五、综合建议

为避免注销后发现违法行为所带来的法律风险，我建议您：

1. 严格遵守法律法规：公司和相关人员在运营期间应严格遵守各项法律法规，建立健全的合规体系，确保公司运营的合法性和规范性。

2. 及时整改并报告：一旦发现违法行为，应立即采取措施进行整改，并主动向相关部门报告，以减轻可能的法律责任。

3. 规范清算程序：对于注销过程中的清算工作，应严格按照法律规定进行，确保通知和公告义务的履行，以避免后续的民事纠纷和法律风险。

综上所述，公司注销后若发现存在违法行为，相关责任人和主体仍需承担相应的法律责任。因此，建议您在运营期间严格遵守法律法规，规范清算程序，以降低法律风险。