公司注销后若发现存在违法行为，相关责任人和主体并不会因公司注销而免除法律责任，仍需根据违法行为的性质承担相应的民事责任、行政责任或刑事责任。以下从这三个方面进行详细分析：
一、民事责任方面
公司清算时已依法履行通知和公告义务
- 若公司在注销前已按法定程序进行清算，并清偿了所有已知债务，但注销后发现的违法行为所产生的民事责任，通常由股东以其在公司剩余财产分配中所取得的财产为限承担清偿责任。例如，若公司在清算时未发现某笔债务，但注销后该债务被确认，且股东在公司剩余财产分配中获得了利益，则股东需以该利益为限承担清偿责任。
- 法律依据：依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十九条，有限责任公司的股东等在公司解散后恶意处置财产或提供虚假清算报告骗取注销登记，需对债务承担相应赔偿责任。若清算过程合法合规，但仍有未发现的债务，股东的责任通常限于其获得的剩余财产。
公司清算时未依法履行通知和公告义务
- 若公司未按规定履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，清算义务人（如股东、董事等）需对债权人承担赔偿责任。例如，若公司未通知某债权人申报债权，导致该债权无法得到清偿，则清算义务人需承担该债权的清偿责任。
- 法律依据：根据《公司法》第一百八十五条，清算组需在规定时间内通知债权人并公告，未履行此义务将承担责任。这是为了保护债权人的合法权益，确保清算过程的公开透明。
二、行政责任方面
- 调查与处罚：公司注销不影响行政机关对其存续期间的违法行为进行调查和处罚。行政机关可依法对公司及相关责任人作出行政处罚决定，如罚款、吊销许可证等。例如，若公司在注销前存在偷税漏税行为，税务机关仍可对其进行处罚，即使公司已注销。
- 责任追究对象：即使公司已注销，行政机关仍可追究法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行政责任。这是为了确保违法行为的责任得到落实，防止相关责任人逃避法律制裁。
三、刑事责任方面
- 单位犯罪责任：若公司违法行为构成犯罪，即使注销，司法机关仍会追究相关责任人的刑事责任。单位犯罪时，除对单位判处罚金外，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。例如，若公司存在诈骗行为，且该行为构成犯罪，则即使公司已注销，相关责任人仍需承担刑事责任。
- 证据收集与追溯：尽管公司注销可能增加证据收集和调查的难度，但司法机关可通过调取工商登记档案、财务账目等方式，尽可能还原案件事实，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。这是为了维护法律的尊严和公正，确保犯罪行为得到应有的惩罚。
综合建议
为避免注销后发现违法行为所带来的法律风险，公司和相关人员应在运营期间严格遵守法律法规，建立健全的合规体系。一旦发现违法行为，应立即采取措施整改，并主动向相关部门报告，以减轻可能的法律责任。同时，对于注销过程中的清算工作，也应严格按照法律规定进行，确保通知和公告义务的履行，以避免后续的民事纠纷和法律风险。
若您在公司注销后发现存在违法行为，或担心公司注销过程中可能存在的法律风险，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和指导，帮助您妥善处理相关问题。