结论：工程材料及现场服务合同是否需要匹配运输发票，需根据合同具体约定、交易实质及税务合规要求综合判断，以下分情况说明：
1. 合同明确约定运输责任及费用承担方时
- 若合同约定由卖方（材料供应商）负责运输并承担费用：卖方需向买方开具包含运输费用的全额增值税发票（如增值税专用发票），发票内容应与合同约定的货物及服务一致。此时运输发票是合同履行的必要凭证，买方需凭此完成进项税抵扣及成本核算。
- 若合同约定由买方自行安排运输：卖方仅需开具材料价款的发票，运输费用由买方与第三方物流公司结算，此时卖方合同无需匹配运输发票，但买方需留存与物流公司的运输合同及发票作为税务合规依据。
2. 合同未明确约定运输条款时
- 根据交易实质判断：若运输是材料交付的必要环节（如卖方包运输到工地），即使合同未明确约定，税务机关可能认定运输费用属于合同价款的一部分，要求卖方开具全额发票（含运输费）。此时若未匹配运输发票，可能被认定为发票内容与实际交易不符，面临税务风险。
- 补充协议或证据链：若双方实际履行中由卖方承担运输，但合同未约定，建议补充签订协议或通过送货单、对账单等证据证明运输费用实际由卖方承担，以支持发票匹配的合理性。
3. 税务合规与风险防范
- 增值税抵扣要求：若买方需抵扣运输费用的进项税，需确保运输发票符合“四流一致”（合同流、资金流、货物流、发票流），即运输合同、付款记录、运输单据与发票开具方一致。
- 混合销售与兼营的区分：若卖方同时提供材料销售与运输服务，需区分是混合销售（一项销售行为涉及货物与服务，按主营业务税率开票）还是兼营（分别核算货物与服务销售额，按各自税率开票）。合同条款需明确服务性质，避免税务争议。
4. 现场服务与运输的关联性
- 若运输对象仅为材料：运输发票与材料销售发票匹配即可，现场服务费用（如安装、调试）需单独开具服务类发票。
- 若运输包含设备与人员：如现场服务需卖方运输设备及技术人员到场，需在合同中拆分费用（如设备运输费、人工服务费），并分别开具对应发票，避免混淆税率或服务内容。
建议：
- 签订合同时明确运输责任、费用承担方及发票开具要求，避免模糊条款；
- 履行过程中留存运输单据、签收单等证据，支撑发票内容与实际交易的一致性；
- 定期自查“四流一致”情况，降低税务稽查风险。
如有具体合同条款或交易场景需进一步分析，可直接向我咨询。