首先，我们需要明确一点：房地产开发有限公司用门市来抵顶欠款，这一行为本身在法律上并不是绝对禁止的，但其合法性取决于多个因素。接下来，我将从几个关键角度进行分析：

1. 债权债务关系的明确性：

   • 如果你们与房地产开发有限公司之间存在明确、合法的债权债务关系，并且双方都有明确的意愿通过门市来抵顶欠款，那么这一行为在法律上通常是有效的。
   • 但如果债权债务关系不明确，或者存在争议，那么用门市抵顶欠款的行为可能会引发法律纠纷。

2. 门市的产权状况：

   • 确保门市拥有清晰的产权，没有产权纠纷或抵押情况。如果门市存在抵押或产权不清，那么抵顶行为可能会受到法律限制。
   • 需要查验相关的产权证书，并确认门市是否可以被自由转让。

3. 整体贷款的影响：

   • 你提到的“整体代款”可能是指房地产开发有限公司的整体贷款。如果门市已经被作为贷款的抵押物，那么在没有解除抵押之前，它不能被用于抵顶欠款。
   • 此外，还需要考虑整体贷款是否对门市的转让构成限制或障碍。

4. 法律程序的合规性：

   • 抵顶欠款的过程需要遵循相关的法律程序，如签订正式的抵顶协议、办理产权过户等。
   • 如果未按照法律程序进行操作，那么抵顶行为可能会被视为无效。

综上所述，房地产开发有限公司用门市来抵顶欠款的行为在法律上的合法性取决于多个因素。为了确保你们的权益，建议你们在接受门市抵顶欠款之前，进行充分的法律调查和咨询。如果有任何疑问或担忧，可以直接向我提问，我会为你们提供更详细的法律建议。