劳动合同补充协议中关于违反规定补偿金的条款，其合法性需根据具体情况判断，但一般而言，只要该条款不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，通常是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法性判断依据
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同及其补充协议应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
- 如果补充协议中的违反规定补偿金条款违反了法律法规的强制性规定，如设定了过高的违约金或赔偿金，超出了法律允许的范围，那么该条款将被视为无效。
双方真实意思表示：
- 劳动合同及其补充协议是双方当事人意思表示一致的产物。如果违反规定补偿金条款是双方在平等自愿的基础上协商达成的，且没有欺诈、胁迫等情形，那么该条款通常是有效的。
二、不同情况下的合法性分析
补偿金金额合理：
- 如果补充协议中约定的违反规定补偿金金额合理，且符合行业惯例或双方之前的交易习惯，那么该条款通常被认为是合法的。
- 例如，双方约定如果员工违反保密义务或竞业限制条款，需要支付一定金额的补偿金，且该金额在合理范围内，那么这样的条款是合法的。
补偿金金额过高或过低：
- 如果补偿金金额过高，超出了法律允许的范围或行业惯例，那么该条款可能被视为无效或部分无效。因为过高的补偿金可能构成对员工的过度惩罚，违反了公平原则。
- 相反，如果补偿金金额过低，无法起到应有的约束作用，也可能引发争议。但这种情况通常不会直接导致条款无效，而是可能在争议解决时由法院或仲裁机构根据实际情况进行调整。
违反法律法规的强制性规定：
- 如果补充协议中的违反规定补偿金条款违反了法律法规的强制性规定，如设定了与劳动法相悖的违约金或赔偿金条款，那么该条款将被视为无效。
- 例如，双方约定如果员工提前离职，需要支付高额的违约金，但根据劳动法的规定，员工提前离职的违约金是有限制的，超出部分将无效。
三、法律建议
审查补充协议条款：
- 在签订劳动合同补充协议时，双方应仔细审查条款内容，确保不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示。
咨询专业律师：
- 如果对补充协议中的违反规定补偿金条款有疑问或争议，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。虽然此处我作为郭劲律师已经给出了一般性的分析，但具体案件仍需具体分析。
保留相关证据：
- 在签订和履行劳动合同及其补充协议过程中，双方应保留好相关证据，如协议文本、沟通记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
总结来说，劳动合同补充协议中关于违反规定补偿金的条款，其合法性需根据具体情况判断。只要该条款不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，通常是合法的。但为了避免争议和风险，建议双方在签订补充协议时仔细审查条款内容，并在必要时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。