商标被破坏（通常指商标侵权）的管辖部门主要包括市场监督管理部门和人民法院，以下从这两个角度为你详细分析：

一、行政管辖部门：市场监督管理部门

1. 具体机构：

   • 根据相关法律法规，商标侵权的行政查处主要由各地的市场监督管理部门（原工商行政管理部门）负责。

2. 职权范围：

   • 市场监督管理部门有权对涉嫌商标侵权的行为进行全面调查，包括检查相关物品、查阅并复制合同、票据、账簿等关键资料。
   • 一旦认定侵权行为成立，该部门可立即责令停止侵权行为，没收并销毁侵权商品及制造工具，同时处以相应罚款。

3. 处理流程：

   • 在遇到商标侵权行为时，首先建议向当地的市场监督管理部门进行举报或投诉，以便其及时展开调查与处理。
   • 市场监督管理部门在接到投诉后，将依法进行查处，并根据当事人的请求就商标纠纷进行调解。若调解成功，双方应履行调解协议；若调解不成或调解书生效后不履行，当事人可进一步采取法律措施。

二、司法管辖部门：人民法院

1. 具体机构：

   • 各级人民法院负责商标侵权案件的司法审判工作。

2. 诉讼流程：

   • 当商标权利人认为其权益受到侵害时，可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求侵权方承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。
   • 通常，商标民事纠纷的第一审案件由中级以上人民法院及最高人民法院指定的基层人民法院管辖。涉及驰名商标认定的案件，则由省、自治区人民政府所在地的市、计划单列市中级人民法院，以及直辖市辖区内的中级人民法院管辖。

3. 法律后果：

   • 在诉讼过程中，法院将根据事实和法律规定作出公正裁决，包括责令侵权方停止侵权行为、赔偿损失等。
   • 若对市场监督管理部门的处理结果不满意，或希望通过法律途径直接解决纠纷，当事人可依法向人民法院提起诉讼。

三、综合建议

• 初步行动：在遇到商标被破坏的情况时，首先建议向当地的市场监督管理部门进行举报或投诉，以便其及时展开调查与处理。
• 后续选择：若对市场监督管理部门的处理结果不满意，或认为需要更进一步的法律救济，可依法向人民法院提起诉讼。
• 专业协助：在整个过程中，如果涉及复杂的法律问题或需要专业的法律意见，建议及时咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询，我专注于知识产权、专利权领域，能够为你提供专业的法律帮助）。

希望以上分析能够对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。