商标侵权问题主要由市场监督管理部门和人民法院负责管理与处理，海关部门在特定情况下也涉及商标侵权的查处。以下是具体说明：
一、市场监督管理部门
职能依据：
- 根据《商标法》的相关规定，市场监督管理部门（原工商行政管理部门）是负责商标管理工作的主要行政机关，有权依法查处侵犯注册商标专用权的行为。
管辖范围与职权：
- 管辖范围：一般由侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地等地的市场监督管理部门管辖，具体为县级以上市场监督管理部门。
- 具体职权：市场监督管理部门有权对涉嫌商标侵权的行为进行全面调查，包括检查相关物品、查阅并复制合同、票据、账簿等关键资料。
处理措施：
- 一旦认定侵权行为成立，市场监督管理部门将责令立即停止侵权行为，没收并销毁侵权商品及制造工具，并处以相应罚款。违法经营额超过5万元的，可处违法经营额5倍以下的罚款；不足5万元的，可处25万元以下的罚款。对重复侵权或有其他严重情节的，从重处罚。
- 对于销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，但能证明合法取得并说明提供者的，将责令停止销售。
二、人民法院
民事诉讼：
- 起诉条件与管辖：商标注册人或利害关系人可直接向人民法院提起商标侵权民事诉讼，要求侵权方承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。起诉时需向有管辖权的法院提出，一般由侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。
- 诉讼优势：通过司法程序全面追究侵权人的民事责任，赔偿数额确定等方面可能更有利于权利人，且法院判决具有更强的强制执行力。
刑事诉讼：
- 在商标侵权情况特别严重，涉嫌犯罪时，可向公安部门报案，由公安部门立案侦查。若侵权行为构成犯罪，侵权人除承担民事责任外，还可能面临刑事处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。
三、海关部门（特定情况）
职能依据：
- 依据《知识产权海关保护条例》，海关负责保护进出口货物中涉及的商标专用权。
具体职权与处理措施：
- 海关在发现进出口货物涉嫌侵犯商标专用权时，有权立即通知知识产权权利人，并根据权利人的申请扣留侵权嫌疑货物。
- 确认侵权后，海关将予以没收。没收后的货物可用于社会公益事业，或由权利人收购，或经消除侵权特征后拍卖（进口假冒商标货物除外），无法消除侵权特征的则予以销毁。
综合建议
- 初步行动：在遇到商标侵权行为时，首先建议向当地的市场监督管理部门进行举报或投诉，以便其及时展开调查与处理。
- 进一步法律救济：若对市场监督管理部门的处理结果不满意，或希望通过法律途径直接解决纠纷，可依法向人民法院提起诉讼。
- 特殊情况处理：对于涉及进出口货物的商标侵权行为，可及时向海关部门举报，以便海关采取相应措施保护商标专用权。
在处理商标侵权问题时，应根据具体情况选择合适的维权途径，并按照法定程序进行举报、投诉或诉讼，以有效维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。