结算单上的盖章和合同上的盖章不是同一个单位时，结算单的效力需根据具体情况来判断，不能一概而论说有效或无效。以下从不同角度为您详细分析：
一般情况下可能有效的情况
存在合法授权或表见代理：
- 如果盖章单位虽与合同单位不一致，但盖章行为得到了合同单位的合法授权，或者存在表见代理的情形（即相对人有理由相信盖章单位有权代表合同单位进行结算），那么结算单通常是有效的。
- 例子：合同单位A委托其子公司B进行项目结算，并在合同中明确授权B可以使用其公章或合同章进行结算。在此情况下，B在结算单上盖章，结算单对A具有法律效力。
双方事后追认：
- 即便结算单上的盖章单位与合同单位不一致，但如果双方事后通过书面或其他方式追认了结算单的效力，那么结算单也是有效的。
- 例子：合同单位A与C公司签订了合同，但结算单上盖的是D公司的章（D与A有关联关系）。事后，A公司通过书面协议确认了D公司的结算行为，此时结算单对A具有法律效力。
可能无效的情况
无合法授权或越权使用：
- 如果盖章单位未经合同单位合法授权，擅自加盖印章进行结算，且对方当事人知道或者应当知道该单位没有授权的情况，结算单可能不具有法律效力。
- 例子：合同单位A明确规定只有其财务部门才能使用合同章进行结算确认，但其他部门员工私自加盖了合同章在结算单上，且合作方对此知情，此时结算单的效力会受到质疑。
内容违法违规：
- 即便结算单上盖了章，但如果其内容违反了法律法规的强制性规定，如涉及偷税漏税、非法集资等违法内容，该结算单是无效的。
- 例子：在工程结算中，双方恶意串通虚构工程量以骗取国家建设资金，这种结算单即为无效。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果一方是在受到欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下加盖印章的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该结算单。
- 例子：一方以威胁对方企业负责人人身安全的方式，迫使对方在结算单上加盖印章，这种情况下结算单的效力处于可撤销状态。
法律建议
- 核实盖章单位的身份和授权：在签订结算单前，务必核实盖章单位的身份和是否得到了合同单位的合法授权。
- 审查结算单内容：确保结算单的内容合法合规，不涉及任何违法违规行为。
- 保留相关证据：如有可能，保留与结算单相关的所有证据，如合同、授权书、往来邮件等，以备不时之需。
- 及时咨询：如果对结算单的效力存在疑问或遇到复杂情况，及时向我咨询，以便获得专业的法律意见。
综上所述，结算单上的盖章和合同上的盖章不是同一个单位时，其效力需根据具体情况来判断。为避免潜在的法律风险，建议在签订和履行合同时，严格遵守相关法律法规和行业规范。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。