在签订三年合同但支付方式按一年一付的情况下，合同中可以这样写：
明确合同总期限与支付周期
- 在合同开头部分，明确写明合同的总期限为三年，自XXXX年XX月XX日起至XXXX年XX月XX日止。
- 紧接着，在支付条款中，明确支付方式为按年支付，即每年支付一次，每次支付金额为合同总金额的1/3（或根据双方协商确定的具体比例）。
详细描述支付时间与方式
- 具体写明每年的支付日期，例如“每年XX月XX日前，乙方应向甲方支付当年度的合同款项，金额为人民币XX元”。
- 支付方式可以写明为银行转账、现金支付或其他双方认可的方式，并注明收款方的账户信息（如银行转账时）。
约定违约责任与解除条件
- 在合同中明确，如果乙方未按时支付年度款项，应承担的违约责任，如支付滞纳金、赔偿损失等。
- 同时，可以约定在乙方连续X年未支付款项或累计未支付款项达到一定比例时，甲方有权解除合同，并要求乙方承担相应的违约责任。
其他必要条款
- 根据合同的具体性质，可能还需要包括保密条款、争议解决方式、合同变更与解除的条件等。
- 确保合同中的所有条款都符合相关法律法规的规定，避免出现无效或违法的条款。
示例条款：
“本合同自XXXX年XX月XX日起至XXXX年XX月XX日止，为期三年。合同款项按年支付，每年支付金额为人民币XX元，共计人民币XX元。乙方应于每年XX月XX日前，将当年度的合同款项支付至甲方指定的银行账户。如乙方未按时支付，应按未支付金额的每日XX%支付滞纳金。若乙方连续两年未支付款项或累计未支付款项达到合同总金额的XX%，甲方有权解除合同，并要求乙方承担因此造成的全部损失。”
在撰写合同时，务必确保所有条款都清晰、明确，并且符合双方的真实意愿。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。