公司从私人账户转账发工资的合法性需结合具体情况判断。在符合财务规范、税务法规及不损害员工权益的前提下，使用私人账户转账发工资可被允许；但若以此逃避税务、侵害员工权益或违反财务管理制度，则属于违法行为。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
小型企业或个体工商户的常见操作：
- 对于经营规模小、人员少的小型企业或个体工商户而言，由于财务制度可能不够完善，企业主使用私人账户给员工发放工资，在按照规定代扣代缴个人所得税，并如实进行财务记录和税务申报的情况下，是合法的。例如，一家小型超市老板通过个人账户给员工发工资，并依法纳税和记录，此操作合规。
特殊情况下的临时安排：
- 如遇银行账户被冻结、系统故障等特殊情况，企业为确保员工工资按时发放，可能会临时采用私人账户转账。只要事后及时恢复正常的工资发放渠道，并做好相关财务处理和税务申报，这种临时安排也是合法的。
劳动合同与实际情况的结合：
- 虽然劳动合同中通常规定公司承担支付工资的义务，但在特殊情况下，如公司账户出现问题，使用私人账户发放工资，只要符合实际情况并上报，且遵循财务流程，也不构成违法。
二、违法情况
逃避税务义务：
- 企业通过私人账户发放部分或全部工资，以规避税务申报和缴纳，导致员工应税收入减少，企业也少缴税款，这种行为违反了《中华人民共和国税收征收管理法》，构成偷税漏税，需承担相应的法律责任。税务机关将追缴欠缴税款及滞纳金，并处以不缴或少缴税款的50%至5倍的罚款。情节严重者，还可能面临刑事责任。
侵害员工权益：
- 使用私人账户发工资可能影响员工的社保缴纳基数，导致社保权益受损。同时，也不利于员工在劳动纠纷中证明劳动关系和工资数额，影响员工在加班费、经济补偿金、工伤赔偿等方面的权益计算。这种行为违反了《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》，损害了员工的合法权益。
违反财务管理制度：
- 企业财务制度和会计准则要求资金往来应通过对公账户进行，以保证财务透明度和规范性。使用私人账户发工资可能导致企业财务账目混乱，难以进行有效的财务管理和审计监督，违反了《中华人民共和国会计法》等相关法律法规。银行及金融监管机构可能对此类异常交易进行调查与处罚。
违反银行结算规定：
- 根据《人民币银行结算账户管理办法》，单位支付给个人的款项超过一定金额需提供付款依据。使用私人账号发放大额工资可能违反此规定，面临银行的监管和处罚。
三、建议
为避免不必要的法律风险和纠纷，企业应遵守相关法律法规和财务规定，确保以合法方式向员工支付工资，并使用正规的对公账户进行工资发放。同时，企业应建立健全的财务管理制度，确保工资的合法发放与税务的准确申报，从而维护企业的长远发展与员工的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。