结论：交通事故请病假超过三个月，单位取消年假，这一损失的承担需分情况讨论，主要取决于年假的性质、单位规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、年假的性质与法律规定
法定年假：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作满一定年限后，享有带薪年休假的权利。这是职工的法定权益，单位应当予以保障。
- 如果单位因职工请病假超过三个月而取消其法定年假，这一行为可能违反了相关法律法规，职工有权要求单位予以补休或支付相应的工资报酬。
单位自行规定的年假：
- 除了法定年假外，单位还可以根据自身情况制定年假制度，包括年假的天数、使用条件等。
- 如果单位规章制度中明确规定了请病假超过一定期限将取消年假，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位取消年假的行为可能是合法的。但即便如此，单位也应当确保这一规定在制定时经过了民主程序，并向职工进行了公示或告知。
二、单位规章制度与劳动合同的约定
单位规章制度：
- 单位规章制度是单位内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定，且不得侵犯职工的合法权益。
- 如果单位规章制度中关于取消年假的规定与法律法规相抵触，或者未经过民主程序制定、未向职工公示或告知，那么这一规定可能是无效的。
劳动合同的约定：
- 劳动合同是职工与单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确约定了请病假超过一定期限将取消年假，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么单位取消年假的行为可能是合法的。但同样，这一约定也应当是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的。
三、实际操作建议
与单位协商：
- 如果职工认为单位取消年假的行为不合理或违法，首先可以尝试与单位进行协商，寻求妥善的解决方案。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，职工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求单位恢复年假或支付相应的工资报酬。
- 如果对劳动仲裁结果不满，职工还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
四、特殊情况考虑
- 病假与年假的衔接：在某些情况下，职工可能因病假而无法在当年享受年假。根据相关规定，职工因病或非因工负伤停止工作医疗时，在医疗期内，单位不得与其解除劳动合同，且应当按照规定支付病假工资或疾病救济费。但关于病假与年假的衔接问题，具体还需根据单位规章制度和劳动合同的约定来确定。
总结与建议：交通事故请病假超过三个月，单位取消年假的损失承担问题需根据年假的性质、单位规章制度以及相关法律法规的规定来综合判断。建议职工在遇到此类问题时，首先查阅单位规章制度和劳动合同的约定，了解自己的权益和义务；如果认为单位的行为不合理或违法，可以与单位进行协商或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。