结论：在原告与被告一（被告二的分公司）以及被告二分别签订了两个工程合同的情况下，保全时能否合并两个合同，需根据具体情况来判断，但原则上是可以考虑合并保全的，不过需满足一定条件并遵循相关法律程序。以下从多个角度进行分析：
一、合并保全的法律依据与原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，保全措施是为了确保将来判决能够得到有效执行而采取的临时性强制措施。在涉及多个合同或多个被告的情况下，如果合同之间存在关联性，且保全措施对于保障原告权益是必要的，法院可以考虑合并保全。
合并保全的原则：
- 关联性原则：两个合同之间需存在某种关联性，如基于同一工程项目、同一交易背景或同一法律关系等。
- 必要性原则：合并保全需是保障原告权益所必需的，即如果不合并保全，原告的权益可能无法得到有效保障。
- 经济性原则：合并保全应考虑诉讼成本和效率，避免不必要的诉讼资源浪费。
二、合并保全的具体操作与考虑因素
合同关联性分析：
- 首先，需要分析两个工程合同之间的关联性。如果两个合同是基于同一工程项目签订的，且涉及相同的工程内容、工程款支付等，那么它们之间存在较强的关联性，合并保全的可能性较大。
- 如果两个合同虽然涉及同一被告（或其分公司），但合同内容、工程范围、工程款支付等完全独立，那么合并保全的关联性可能较弱。
保全措施的合理性：
- 保全措施需合理且必要。法院在决定是否合并保全时，会考虑保全措施是否会对被告的正常经营造成不必要的困扰或损失。
- 如果合并保全能够更有效地保障原告的权益，且不会对被告造成不合理的负担，那么法院更可能同意合并保全。
法院的自由裁量权：
- 法院在保全措施上拥有一定的自由裁量权。法院会根据案件的具体情况、双方当事人的利益平衡以及诉讼效率等因素来综合判断是否合并保全。
三、实际操作建议
准备充分证据：
- 原告在申请合并保全时，应准备充分的证据来证明两个合同之间的关联性以及合并保全的必要性。这可以包括合同文本、工程进度报告、付款记录等。
与法院沟通：
- 在申请保全前，原告可以与法院进行沟通，了解法院对于合并保全的看法和态度。这有助于原告更好地准备保全申请材料，提高保全申请的成功率。
考虑被告的利益：
- 在申请合并保全时，原告也应考虑被告的利益。如果合并保全可能对被告的正常经营造成较大影响，原告可以考虑提出更为合理的保全方案，如提供担保、限制保全范围等。
总结与建议：在原告与被告一（被告二的分公司）以及被告二分别签订了两个工程合同的情况下，保全时能否合并两个合同需根据具体情况来判断。如果两个合同之间存在较强的关联性，且合并保全对于保障原告权益是必要的，那么可以考虑向法院申请合并保全。在申请过程中，原告应准备充分的证据、与法院进行沟通，并考虑被告的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。