公务员体检时疤痕被盖住，并不会因此留下案底。以下从多个角度进行详细分析：
一、案底的定义与形成条件
案底，通常指的是某人因违法犯罪行为被司法机关处理后所留下的记录。这种记录一般保存在公安机关，并可能对个人的社会信用、就业、出国等方面产生一定影响。案底的形成需要满足两个基本条件：一是存在违法犯罪行为，二是该行为被司法机关依法处理并记录在案。
二、公务员体检的性质与目的
公务员体检是公务员录用过程中的一个重要环节，其目的在于确保拟录用的公务员具备履行职责所需的身体条件。体检标准通常依据《公务员录用体检通用标准（试行）》等规定执行，主要关注的是应聘者的身体健康状况，而非其过往行为记录。
三、疤痕与案底的关系
疤痕本身不构成违法犯罪行为：疤痕是皮肤受损后愈合留下的痕迹，它本身并不代表任何违法犯罪行为。因此，即使疤痕在体检时被盖住，也不会因为疤痕的存在而形成案底。
体检过程不涉及案底记录：公务员体检主要关注的是应聘者的身体健康状况，如视力、听力、血压、心率等生理指标，以及是否存在传染病、精神疾病等可能影响工作的健康问题。体检过程并不涉及对应聘者过往行为的调查或记录，因此不会因为体检而留下案底。
四、特殊情况下的考虑
虽然一般情况下疤痕被盖住不会留下案底，但也需要考虑一些特殊情况。例如，如果疤痕是由于应聘者曾经的违法犯罪行为（如打架斗殴、故意伤害等）导致的，且该行为被司法机关依法处理过，那么应聘者可能已经有案底记录。然而，这种案底记录与疤痕在体检时是否被盖住无关，而是与应聘者过去的违法犯罪行为有关。
五、法律建议
如实告知体检情况：在公务员体检过程中，应聘者应如实告知医生自己的身体状况和病史，包括疤痕的形成原因等。这有助于医生全面了解应聘者的健康状况，并作出准确的体检结论。
关注个人信用与行为记录：虽然疤痕被盖住不会留下案底，但应聘者仍应关注自己的个人信用和行为记录。保持良好的信用记录和行为习惯，有助于提升个人的社会形象和就业竞争力。
咨询专业法律意见：如果应聘者对自己的身体状况或过往行为存在疑虑，或者担心可能因此影响公务员录用结果，可以咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和指导。
综上所述，公务员体检时疤痕被盖住并不会留下案底。应聘者应如实告知体检情况，关注个人信用与行为记录，并在必要时咨询专业律师的意见。