农业开发有限公司的国有建设用地使用权和农用地确实需要分别登记。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律依据角度
   根据《中华人民共和国民法典》第三百五十五条及《不动产登记暂行条例》第八条，建设用地使用权与土地承包经营权（农用地使用权）属于不同类型的不动产物权，需分别办理登记。具体而言：
   

• 国有建设用地使用权登记依据《不动产登记暂行条例实施细则》第三十四条，需提交出让合同、规划许可等材料；
  
• 农用地（如耕地、林地）使用权登记依据《农村土地承包法》第二十三条，需提交承包合同等材料。
  两者登记机关可能不同（建设用地通常为自然资源部门，农用地可能涉及农业农村部门），但实践中多由不动产登记机构统一办理。

1. 权利性质角度
   

• 建设用地使用权属于用益物权中的“建设用地使用权”，目的为建造建筑物、构筑物；
  
• 农用地使用权属于“土地承包经营权”或“土地经营权”，目的为农业生产经营。
  权利目的差异导致登记内容、审查标准不同（如建设用地需审查规划指标，农用地需审查农业用途管制），因此必须分别登记以明确权属边界。

1. 实务操作角度
   若公司同时持有两类土地：
   

• 需分别申请登记：提交材料时需明确土地用途（如“工业用地”与“耕地”），避免权属混淆；
  
• 合并登记限制：即使土地物理位置相邻，法律上仍视为独立权利，不可合并登记为同一不动产权证书；
  
• 例外情形：若农用地经依法转为建设用地（如通过“农转用”审批），则需先办理农用地转用手续，再按建设用地重新登记。

建议：公司应委托专业机构对土地权属进行尽职调查，确保两类土地登记信息准确无误。若涉及土地用途变更，需提前与自然资源部门沟通，避免因登记瑕疵影响后续开发。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询。