国有农用地使用权登记的法律依据主要包括《民法典》、《不动产登记暂行条例》以及《不动产登记暂行条例实施细则》。以下是详细分析：

1. 《民法典》：作为民事法律的基本法，它为不动产权利的设立、变更、转让和消灭提供了基本的法律框架。国有农用地使用权作为不动产权利的一种，其登记自然也应遵循《民法典》的相关规定。

2. 《不动产登记暂行条例》：

   • 第三条规定：“不动产首次登记、变更登记、转移登记、注销登记等，适用本条例。”这明确将国有农用地使用权登记纳入不动产登记的范畴。
   • 第四条规定：“国家实行不动产统一登记制度。”这强调了不动产登记的统一性和规范性，国有农用地使用权登记作为其中的一部分，也必须遵循这一制度。
   • 第五条详细列举了需要办理登记的不动产权利类型，其中包括“建设用地使用权”，而国有农用地使用权在某种程度上也属于建设用地使用权的一种特殊形式，因此也应按照此条例进行登记。

3. 《不动产登记暂行条例实施细则》：该细则进一步细化了不动产登记的具体操作规范，包括登记程序、申请材料、审核标准等，为国有农用地使用权登记提供了更为具体的法律依据。

综上所述，国有农用地使用权登记的法律依据是明确且完整的，主要包括《民法典》、《不动产登记暂行条例》以及《不动产登记暂行条例实施细则》。这些法律法规共同构成了国有农用地使用权登记的法律基础，确保了登记的合法性、规范性和统一性。