关于农村集体农用地和建设用地能否一起登记的问题，这主要涉及到农村不动产的统一登记政策。以下是我根据相关政策文件为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，农村集体农用地和建设用地在性质上是有所不同的。农用地主要是指用于农业生产的土地，如耕地、林地等；而建设用地则是指用于建造建筑物、构筑物的土地，如宅基地、集体建设用地等。
针对您提出的问题，根据自然资源部以及多省出台的相关政策文件，如《宅基地和集体建设用地使用权确权登记工作问答》和《关于做好农村宅基地和集体建设用地房地一体确权登记工作的指导意见》等，我们可以得知：
房地一体确权登记原则：政策明确要求各地要按照不动产统一登记和宅基地制度改革的要求，坚持“依法依规、房地一体”的原则进行确权登记。这意味着，在符合政策规定的前提下，农村宅基地和集体建设用地是可以进行房地一体确权登记的。
农用地与建设用地的区别处理：虽然政策强调了房地一体确权登记，但并不意味着农用地和建设用地可以无条件地一起登记。农用地和建设用地在用途、管理、登记等方面都存在差异，因此它们通常需要分别进行登记。不过，在某些特定情况下，如农用地转为建设用地并经过合法审批后，可能需要进行相应的变更登记。
具体登记流程：对于农村宅基地和集体建设用地的确权登记，政策通常要求按照“乡镇统一调查、村组集中申请、登记机构批量受理”的模式进行整乡整村统筹推进。这意味着，具体的登记流程可能因地区而异，但通常都会包括权籍调查、申请、受理、审核、登簿发证等环节。
不予登记的情形：政策也明确规定了不予确权登记发证的情形，如违法占用永久基本农田、农村集体经济组织非法改变用途出让或出租农村集体土地进行非农业建设等。这些情形下的土地是无法进行合法登记的。
综上所述，农村集体农用地和建设用地在一般情况下是需要分别进行登记的。但在某些特定情况下，如农用地合法转为建设用地后，可能需要进行相应的变更登记。为了获取更准确的信息和具体的登记流程，建议您咨询当地的不动产登记机构或相关部门。他们可以根据您的具体情况和当地政策为您提供更详细的指导和帮助。