针对内部自检违反食品留样规定的处罚，需结合具体违法情形、主体身份及危害后果综合判断，处罚依据主要涉及《食品安全法》及地方性法规，具体分以下情形说明：
1. 若主体为餐饮服务提供者（如学校食堂、酒店、餐馆等）
- 直接处罚依据：根据《食品安全法》第三十七条，餐饮服务提供者应按要求对食品进行留样，留样时间不少于48小时，留样量不少于125克。若未按规定留样，属于“未履行食品安全管理义务”的违法行为。
- 处罚措施：
- 警告+责令改正：首次发现且情节轻微（如未留样但未造成危害后果），监管部门可先给予警告，并责令限期改正。
- 罚款：若逾期未改正或情节严重（如多次违规、留样不足导致无法追溯问题食品），可处5000元以上5万元以下罚款（《食品安全法》第一百二十六条）。
- 停业整顿：若违规行为导致食品安全事故（如食物中毒），可能面临停业整顿，直至吊销许可证。
2. 若主体为食品生产企业（如加工厂、中央厨房等）
- 特殊要求：食品生产企业通常需遵守《食品安全法》及《食品生产通用卫生规范》（GB 14881），其中对留样的规定更严格（如需留存至保质期满后6个月）。
- 处罚措施：
- 罚款：未按规定留样的，可处5万元以上10万元以下罚款（《食品安全法》第一百二十六条），情节严重的可能吊销许可证。
- 刑事责任：若因未留样导致问题食品无法追溯，且造成严重后果（如重大食品安全事故），相关责任人可能涉嫌“生产、销售不符合安全标准的食品罪”（《刑法》第一百四十三条），面临有期徒刑或罚金。
3. 若主体为学校、托幼机构等集体用餐单位
- 额外责任：根据《学校食品安全与营养健康管理规定》，学校食堂未留样的，除接受行政处罚外，还可能面临教育主管部门的问责（如通报批评、影响单位评优等）。
- 处罚重点：若因未留样导致学生健康受损，单位负责人可能被追究行政责任（如记过、撤职）或民事赔偿责任（如赔偿学生医疗费用）。
4. 地方性法规的补充规定
- 部分省份（如广东、浙江）在《食品安全条例》中明确，未留样的餐饮单位可能被降低信用等级，影响后续贷款、招投标等经营活动。
- 例如：广东省规定，未留样的餐饮单位需在媒体公开道歉，并纳入“食品安全黑名单”。
建议与风险提示
- 自查自纠：若内部自检发现未留样，应立即补留并记录整改情况，避免被监管部门认定为“拒不改正”。
- 完善制度：建立食品留样台账，明确责任人，定期检查留样设备（如冷藏柜）是否正常运行。
- 培训员工：对厨师、食品安全管理员等进行留样规范培训，确保操作符合法规要求。
如有具体案件细节（如违规主体、后果等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的处罚预判及应对方案。