法院允许对被告非法获得的原告财物凭证进行鉴定，主要是基于以下几个方面的法律和实务考量：

1. 证据的真实性与合法性审查：

   • 在刑事诉讼或民事诉讼中，证据的真实性和合法性是法院判断案件事实的基础。即使某些财物凭证是被告非法获得的，这并不影响其作为证据的潜在价值。法院需要通过鉴定等手段，确认这些凭证是否真实反映了案件的相关情况，以及它们是否合法取得（尽管取得方式非法，但凭证本身的内容可能合法且关键）。
   • 例如，如果一份合同是被告通过欺诈手段获得的，但合同内容本身是真实的，且对案件事实有重要影响，那么法院仍然会考虑这份合同作为证据，并通过鉴定来确认其真实性。

2. 全面查明案件事实的需要：

   • 法院的职责是全面、客观地查明案件事实，确保判决的公正性和准确性。如果因为证据的取得方式非法就完全排除其作为证据的可能性，可能会导致案件事实无法查清，进而影响判决的公正性。
   • 在某些情况下，非法获得的证据可能是查明案件事实的关键。例如，在贪污腐败案件中，被告可能通过非法手段隐藏了大量财物和凭证。如果这些凭证不被允许进行鉴定，那么案件事实可能无法得到全面揭示。

3. 法律程序的公正性：

   • 法律程序要求所有相关证据都应得到公正、客观的审查。即使证据的取得方式存在问题，法院也应通过合法程序来评估其证据价值，而不是简单地排除。
   • 鉴定作为一种科学、客观的手段，可以帮助法院更准确地评估证据的真实性和合法性。因此，允许对非法获得的财物凭证进行鉴定，是维护法律程序公正性的重要体现。

4. 特定情况下的例外处理：

   • 在某些特定情况下，法律可能规定即使证据是非法获得的，也可以作为证据使用。这通常涉及到公共利益、国家安全等重大问题。
   • 例如，在涉及恐怖主义、贩毒等严重犯罪的案件中，为了维护公共利益和国家安全，法院可能会允许使用通过非法手段获得的证据。当然，这种情况下需要严格遵循法律程序和规定。

法律建议：

• 对于原告而言，如果担心被告非法获得的财物凭证被用作证据，可以积极向法院提出异议，并提供相关证据证明这些凭证的非法性。同时，也可以要求法院对这些凭证进行严格的鉴定和审查，以确保其真实性和合法性。
• 对于被告而言，如果确实存在非法获得财物凭证的情况，应主动向法院说明情况，并配合法院的调查和鉴定工作。如果凭证内容真实且对案件事实有重要影响，可以考虑通过合法途径（如赔偿、道歉等）来弥补过错，以减轻可能的法律责任。

可能法律后果：

• 如果法院最终认定被告非法获得的财物凭证具有证据价值，并据此作出判决，那么被告可能需要承担相应的法律责任。这取决于具体案件的性质和情节严重程度。
• 如果原告能够成功证明这些凭证的非法性，并导致法院排除其作为证据的可能性，那么这可能会对被告的辩护策略产生重大影响，甚至可能导致案件结果发生逆转。