结论：小区维修基金用完后，物业是否有义务制定方案并组织实施维修，需分情况讨论，若维修事项属于物业合同约定范围或紧急情况，物业有义务组织实施；若属于大修、中修等需动用维修基金事项，物业虽无直接出资义务，但应协助组织业主筹集资金并制定方案。具体分析如下：

一、维修基金用完后，物业的义务范围需结合物业合同约定判断

根据《物业管理条例》及《民法典》相关规定，物业公司的核心义务是按照物业服务合同约定，对房屋及配套设施设备和相关场地进行维修、养护、管理。
若物业合同中明确约定“维修基金用完后，物业需负责组织维修并承担部分费用”，则物业必须履行该义务（例如合同约定物业承担小额维修费用，或通过公共收益补贴）。
若合同未约定此类条款，则物业的义务仅限于“协助业主筹集资金、制定维修方案并组织实施”，而非直接出资维修。

二、紧急维修情况下，物业有义务立即处理并后续追偿

根据《住宅专项维修资金管理办法》第二十条，若发生“屋面防水损坏造成渗漏、电梯故障危及人身安全、消防系统故障”等紧急情况，即使维修基金已用完：

1. 物业必须立即采取应急措施（如临时修补屋面、停用故障电梯），避免损失扩大；
   
2. 后续需通过业主大会决议筹集资金（如按户分摊、动用公共收益），物业需协助制定方案并组织实施；
   
3. 若物业未履行紧急维修义务导致损失扩大，需承担赔偿责任。

三、非紧急维修：物业需协助业主筹集资金并制定方案

若维修事项不属于紧急情况（如普通外墙粉刷、绿化改造），且维修基金已用完：

1. 物业无直接出资义务，但需根据《物业管理条例》第十五条，履行“协助业主大会、业委会工作”的义务，包括：
   
   • 起草维修方案（明确维修内容、预算、资金筹集方式）；
     
   • 组织业主大会表决（需经专有部分占建筑物总面积2/3以上且占总人数2/3以上的业主同意）；
     
   • 监督维修过程并公示资金使用情况。
     
2. 若物业拒绝协助导致维修无法进行，业主可向房管部门投诉或通过业主大会更换物业。

四、实践建议

1. 业主角度：
   
   • 优先查阅物业合同，明确物业义务范围；
     
   • 若属紧急维修，可要求物业立即处理并保留证据（如照片、视频）；
     
   • 若属非紧急维修，可联合业委会要求物业制定方案并组织表决。
     
2. 物业角度：
   
   • 完善物业合同条款，明确维修基金用尽后的责任划分；
     
   • 紧急维修后及时公示资金筹集方案，避免纠纷；
     
   • 保留维修过程记录（如采购发票、施工合同），以备业主查询。

总结：维修基金用完后，物业的义务取决于维修性质、合同约定及法律规定。紧急情况下物业必须处理，非紧急情况下需协助业主筹集资金并制定方案。若对具体操作有疑问，可直接向我咨询。