结论前置：起诉对方两年后对方还款了，原告一般是可以向法院申请撤诉的，但具体能否撤诉需根据法院裁定及案件实际情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、撤诉的法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十八条的规定，宣判前，原告有权申请撤诉，且是否准许由人民法院裁定。这意味着，在法院作出最终判决之前，原告都有权根据自己的意愿和案件进展情况，向法院提出撤诉申请。
二、撤诉的考虑因素
诉讼目的实现：
- 如果原告的初衷仅是追回欠款，且对方已全额支付，那么债权已经得到实现，撤诉是一个合理的选择。撤诉可以节省司法资源，减轻法院负担，同时避免诉讼过程中的不确定性和风险。
维护双方关系：
- 如果双方希望保持或修复合作关系，撤诉有助于为未来交往留下余地，避免因诉讼而产生的紧张关系。
减少诉讼成本：
- 撤诉后，案件受理费通常减半收取，对原告而言是一种经济上的考虑。
追究违约责任：
- 如果合同中约定了逾期还款的违约金或其他责任形式，即使本金已收回，原告仍有权通过诉讼要求对方承担这些额外责任。此时，撤诉可能不是最佳选择，因为撤诉后将无法再通过诉讼追究对方的违约责任。
树立法律威慑：
- 通过法院判决确认对方的违约行为，可以形成法律威慑，防止其未来再次违约。如果原告希望树立法律威慑，那么继续诉讼可能更为合适。
避免后续纠纷：
- 法院的判决具有既判力，能有效避免对方后续否认还款事实或债权债务关系，减少潜在纠纷。如果原告担心后续纠纷，那么继续诉讼并获得法院判决可能更为稳妥。
三、撤诉的程序和注意事项
撤诉程序：
- 原告需向受理案件的法院提交书面撤诉申请书，说明撤诉原因和案件基本情况。
- 法院将审查撤诉申请，如符合法律规定和程序要求，将裁定准许撤诉。
注意事项：
- 确认收款全面性：在提出撤诉申请前，确保已完全收到对方应支付的款项，包括本金、利息及其他费用。
- 查看合同条款：检查合同中是否有关于撤诉的具体规定或要求，以确保撤诉不会违反合同约定。
- 保留证据：撤诉前确保已妥善保留对方还款的相关证据，以防后续纠纷。这些证据可以包括还款记录、收据、银行转账凭证等。
- 考虑对方行为诚信度：如果对方还款是因为受到胁迫或其他非自愿原因，那么撤诉可能不是最佳选择。因为即使撤诉，对方也可能在未来否认还款事实或提出其他纠纷。
四、综合建议
在决定是否撤诉时，原告应全面评估自身情况，包括诉讼目的、合同条款、未来关系以及诉讼成本等因素。同时，考虑对方的行为诚信度、潜在纠纷风险以及法律威慑效果等。如果原告对撤诉程序或法律后果有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供有针对性的建议和指导。
总之，起诉对方两年后对方还款了是否撤诉，是一个需要综合考量多方面因素的复杂决策。原告应在充分了解自身权益和诉讼风险的基础上，结合实际情况和专业法律意见，做出明智且符合自身利益的选择。