结论：货款已支付完毕的情况下，单独主张逾期付款违约金通常是可以的，但具体能否得到支持需结合合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、合同约定优先

1. 违约金条款独立存在
   若合同中明确约定了逾期付款违约金的计算方式（如按日万分之五计算），且未将违约金支付与货款支付绑定为“同时履行”或“条件成就”关系，则即使货款已付清，守约方仍有权依据合同单独主张违约金。
   示例：合同约定“买方逾期付款的，每逾期一日按未付金额的0.05%支付违约金”，买方虽在诉讼前付清货款，但逾期事实已发生，卖方可主张逾期期间的违约金。

2. 违约金条款附条件或期限
   若合同约定违约金需在货款付清后另行支付（如“违约金于货款结清后30日内支付”），或违约金以货款未付为前提（如“若买方未在XX日前付款，则需支付违约金”），则需严格审查条件是否成就。若条件已满足（如货款付清后期限届满），仍可主张违约金。

二、实际履行情况影响主张结果

1. 买方主动付清货款
   若买方在诉讼前主动付清货款，且未对违约金提出异议，卖方主张违约金时，法院可能根据诚实信用原则支持其请求，但会审查违约金是否过高（如超过LPR的4倍）。
   法律依据：《民法典》第585条：约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

2. 买方被强制执行后付清货款
   若卖方已通过诉讼或仲裁取得货款及违约金判决/裁决，但买方在执行阶段才付清货款，此时违约金已通过生效文书确认，买方需一并履行。
   例外：若买方在执行阶段与卖方达成和解，明确放弃违约金，则卖方不得再主张。

三、法律对违约金的主张限制

1. 违约金与损害赔偿的关系
   若卖方实际损失（如资金占用利息）低于合同约定的违约金，买方可请求法院调减违约金；若实际损失高于违约金，卖方可同时主张违约金及差额部分损害赔偿（需举证）。
   公式：

   • 违约金调减标准：违约金 ≤ 实际损失 × 130%（司法实践参考值）
     
   • 损害赔偿计算：实际损失 - 已获违约金（若违约金低于损失）

2. 诉讼时效问题
   违约金主张的诉讼时效自买方逾期付款之日起算，通常为3年。若货款付清时间晚于逾期付款时间，诉讼时效可能因买方部分履行而中断，需结合具体时间节点判断。
   示例：买方应于2020年1月1日付款，实际于2023年6月1日付清，卖方于2023年12月1日主张违约金，未超过3年时效。

四、实务建议

1. 审查合同条款：确认违约金条款是否独立、条件是否成就，避免因条款瑕疵导致主张被驳回。
   
2. 固定证据：保留逾期付款的凭证（如催款通知、付款记录）、合同原件及实际损失证明（如利息计算表）。
   
3. 及时主张权利：若买方拖延付款，建议在诉讼时效内同时起诉货款及违约金，避免后续主张被动。

总结：货款付清后单独主张逾期付款违约金具有法律依据，但需结合合同约定、履行情况及法律限制综合判断。如有具体合同或案情，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析主张策略。