在异地发生机动车追尾事故，且双方都已离开现场的情况下，处理起来需要更加谨慎和细致，以确保自身权益得到妥善保障。以下是一套综合的处理步骤，供您参考：

一、回顾并确认现场情况

1. 回忆事故细节：首先，尽量回忆事故发生的具体时间、地点、天气情况以及双方车辆的位置和碰撞部位等关键信息。
2. 检查自身安全：确认自己及乘车人员是否受伤，如有需要，应立即就医。

二、尽快报警并通知保险公司

1. 拨打报警电话：即使双方已离开现场，也应尽快拨打当地报警电话122，报告事故情况，并说明双方已离开现场的原因。警方可能会要求您提供事故现场的照片或其他证据。
2. 通知保险公司：同时，向自己车辆的保险公司报案，告知事故详情，包括事故发生的时间、地点、对方车辆信息（如已知）等。保险公司会指导您后续的处理流程。

三、收集并保存证据

1. 寻找目击者：如果可能，尝试寻找事故现场的目击者，并记录他们的联系方式和证言。
2. 调取监控录像：如果事故发生在有监控的区域，可以尝试联系相关部门调取监控录像作为证据。
3. 保存其他证据：如行车记录仪的视频、手机拍摄的照片等，这些都可以作为事故处理的依据。

四、配合警方调查

1. 提供信息：根据警方的要求，提供事故发生的详细经过、对方车辆的信息（如车牌号、车型、颜色等）以及您所掌握的其他证据。
2. 接收认定书：如果警方能够出具交通事故责任认定书，这将作为后续处理的重要依据。请务必妥善保管这份文件。

五、处理车辆维修与理赔

1. 选择维修地点：根据保险公司的指引，选择在异地当地的合作修理厂进行维修，或者返回本地进行维修（需提前与保险公司沟通并获得同意）。
2. 提交理赔材料：收集并提交理赔所需材料，包括交通事故责任认定书（如有）、车辆维修发票、定损单、驾驶证、行驶证及身份证等。
3. 跟踪理赔进度：密切关注保险公司的理赔审核进度，确保问题得到及时解决。

六、处理可能的纠纷

1. 责任认定异议：如果您对事故责任认定有异议，可以在规定时间内向上一级交警部门申请复核。
2. 理赔纠纷：如果在理赔过程中与保险公司发生纠纷，可以先尝试协商解决；协商不成时，可以向保险监管部门投诉或通过仲裁、诉讼等法律途径解决。

七、法律咨询与援助

在处理过程中遇到任何法律问题或需要援助时，建议及时咨询专业律师的意见和帮助。他们可以提供更具体、更专业的法律建议，帮助您更好地维护自身权益。

总之，在异地发生机动车追尾事故且双方都已离开现场的情况下，处理起来可能会更加复杂和棘手。但只要您保持冷静、理智应对，并遵循上述步骤进行处理，就能够最大限度地保护自身权益并减少损失。