关于初中生打架在学校内部调解赔偿协议书由谁准备的问题，结论前置如下：
协议书可由学校准备：学校作为教育机构，在处理学生之间的纠纷时，往往扮演着调解者的角色。为了更有效地推进调解进程，确保协议内容的合法性和合理性，学校可以主动准备赔偿协议书。这样不仅能体现学校的积极态度，还能在一定程度上保障双方的权益。
协议书也可由双方家长或监护人准备：在调解过程中，如果双方家长或监护人更希望自行准备协议书，以体现对协议内容的重视和掌控，这也是完全可行的。他们可以根据调解的结果和双方的意愿，起草一份详细的赔偿协议书，并提交给学校进行审核和确认。
详细分析：
学校准备协议书的优势：
- 专业性：学校可能更熟悉相关法律法规和调解流程，能够准备出更符合法律要求的协议书。
- 中立性：学校作为第三方，其准备的协议书可能更容易被双方接受，减少争议和误解。
- 效率性：学校可以迅速组织人员准备协议书，加快调解进程，使双方尽快达成和解。
双方家长或监护人准备协议书的考量：
- 自主性：双方家长或监护人可能更希望根据自己的意愿和需求来准备协议书，以确保协议内容完全符合双方的期望。
- 细致性：家长或监护人可能更了解孩子的具体情况和需求，能够准备出更细致、更贴合实际的协议书。
- 责任性：自行准备协议书也体现了双方对调解结果的重视和承担责任的意愿。
法律建议：
- 无论协议书由谁准备，都应确保协议内容合法、合理、明确，并包含双方的基本信息、纠纷事实、赔偿金额、支付方式、违约责任等关键条款。
- 协议书应经双方签字（或盖章）确认，并最好由学校作为见证方进行盖章确认，以增加协议的法律效力和可执行性。
- 如果双方对协议内容存在争议或无法达成一致，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。
后续行动建议：
- 在准备协议书的过程中，双方应保持沟通畅通，积极协商，以达成共识。
- 协议书签订后，双方应严格按照协议内容履行各自的义务，避免再次发生纠纷。
- 如果在履行协议过程中出现问题或争议，可以及时向学校或相关部门反映，并寻求帮助和解决方案。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。