结论：在高标准农田建设面积设计未扣除非耕地的情况下，甲方是否有责任，需根据具体情况来判断，包括合同约定、甲方职责范围以及是否存在过错等因素。

分析角度一：合同约定

1. 若合同中有明确约定：如果甲方与乙方（如施工单位或设计单位）之间的合同中明确规定了高标准农田建设面积的计算方式，且明确指出应扣除非耕地面积，而甲方未按照此约定进行，那么甲方显然存在违约责任。乙方有权依据合同条款要求甲方承担相应的违约责任，如重新计算面积、赔偿损失等。

2. 若合同中未明确约定：如果合同中没有明确提及面积计算方式或是否应扣除非耕地面积，那么情况就相对复杂。此时，需要参考行业惯例、相关法律法规以及双方交易习惯等因素来判断甲方的责任。

分析角度二：甲方职责范围

1. 甲方负责设计或审核：如果甲方在高标准农田建设项目中负责设计或审核工作，且因设计或审核失误导致面积计算错误（未扣除非耕地），那么甲方应承担相应的责任。这种责任可能包括重新设计、修正错误、赔偿因此给乙方造成的损失等。

2. 甲方仅作为业主或出资方：如果甲方仅作为项目的业主或出资方，不直接参与设计或审核工作，那么其责任可能相对有限。然而，如果甲方在项目过程中未能尽到合理的监督和管理职责，导致面积计算错误，甲方也可能需要承担一定的责任。

分析角度三：是否存在过错

1. 甲方存在过错：如果甲方在高标准农田建设项目中存在故意或过失行为，导致面积计算错误（未扣除非耕地），那么甲方应承担相应的法律责任。这种责任可能包括民事赔偿、行政处罚等，具体取决于过错程度和造成的后果。

2. 甲方无过错：如果甲方能够证明自己在项目过程中已经尽到了合理的注意义务，且面积计算错误是由于不可抗力、第三方原因等不可归责于甲方的原因导致的，那么甲方可能不承担责任或承担较少的责任。

法律建议：

• 审查合同条款：首先，应仔细审查甲方与乙方之间的合同条款，明确双方的权利和义务，特别是关于面积计算和责任承担的约定。
• 收集证据：如果甲方认为自己可能承担责任，应尽快收集相关证据，如设计图纸、审核记录、会议纪要等，以证明自己的行为符合合同约定或行业惯例。
• 协商解决：在争议发生后，双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式解决。
• 寻求法律帮助：如果甲方对法律问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。

可能法律后果：

• 如果甲方被认定存在责任，可能需要承担重新计算面积、赔偿损失、支付违约金等民事责任。
• 在严重情况下，如果甲方的行为构成违法或犯罪，还可能面临行政处罚或刑事责任。