业主可通过协商、投诉、法律途径等方式处理高标准农田设计不合理问题，具体分析如下：
- 协商沟通：业主可以首先尝试与设计单位或施工单位进行友好协商，明确指出设计不合理之处，并提出合理的修改建议或解决方案。这种方式成本较低，效率较高，有助于双方达成共识，及时解决问题。
- 投诉举报：如果协商无果，业主可以向当地农业农村部门或相关监管机构进行投诉举报。这些部门通常负责高标准农田建设的监督管理工作，有权对设计不合理等问题进行调查处理。在投诉时，业主应提供详细的设计不合理证据，如设计图纸、现场照片、专家意见等，以便相关部门能够准确了解问题情况，并采取相应的措施。
- 法律途径：
- 提起诉讼：如果设计不合理问题严重影响了农田的使用效益或造成了经济损失，业主可以考虑通过法律途径解决争议。具体来说，业主可以向人民法院提起诉讼，要求设计单位或施工单位承担违约责任或赔偿责任。在诉讼过程中，业主需要提供充分的证据证明设计不合理的事实以及由此造成的损失。
- 申请仲裁：如果业主与设计单位或施工单位在合同中约定了仲裁条款，那么业主也可以选择向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种相对快速、灵活的争议解决方式，其裁决结果具有法律效力。
在处理高标准农田设计不合理问题时，业主还应注意以下几点：
- 保留证据：业主应及时收集、保存与设计不合理相关的证据材料，如设计图纸、施工记录、现场照片、专家意见等。这些证据材料在后续的协商、投诉或法律诉讼中都将发挥重要作用。
- 了解相关法律法规：业主应了解与高标准农田建设相关的法律法规和政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。例如，《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国农业法》等法律法规都对农田建设和管理提出了明确要求。
- 寻求专业支持：如果业主对法律问题不太熟悉或处理起来感到困难，可以寻求专业律师或相关机构的帮助和支持。他们可以提供专业的法律意见和协助处理争议，帮助业主更好地维护自己的权益。