高标准农田设计不科学可能违反《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国农业法》《高标准农田建设通则》及相关地方性法规，具体需结合设计缺陷类型和后果判断。以下从不同法律维度展开分析：

1. 违反《中华人民共和国土地管理法》

若设计不科学导致土地资源浪费或破坏（如灌溉系统设计缺陷引发土壤盐碱化、田块规划不合理导致耕地质量下降），可能触犯该法第四条“十分珍惜、合理利用土地和切实保护耕地”的基本国策，以及第三十七条“禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼”的禁止性规定。若设计缺陷导致耕地被非法占用或破坏，相关责任方可能面临行政处罚（如罚款、责令整改）或刑事责任（如非法占用农用地罪）。

2. 违反《中华人民共和国农业法》

该法第十六条明确要求“国家保护和提高耕地质量，采取措施防止耕地污染、土地沙化、盐渍化、贫瘠化、石漠化、地面沉降以及防治植被破坏、水土流失、水体富营养化、沼泽化等”。若设计不科学导致农田灌溉、排水系统失效，引发土壤污染或水土流失，可能违反此条款，相关单位或个人可能被责令限期改正，逾期未改正的，可能面临罚款或其他行政处罚。

3. 违反《高标准农田建设通则》

作为国家标准（GB/T 30600-2022），该通则对农田布局、田块整治、灌溉与排水、田间道路、农田防护与生态环境保持等设计提出具体技术要求。若设计未遵循通则中的强制性条款（如田块坡度、灌溉水利用系数、道路通达度等指标），可能被认定为“不符合国家标准”，导致项目验收不合格，需重新设计或整改，并可能影响财政资金拨付。

4. 违反地方性法规或政府规章

部分省份出台了《高标准农田建设条例》或实施细则，对设计单位资质、设计文件审查、公众参与等环节作出更严格规定。例如，若设计单位未取得相应资质或设计文件未经专家论证，可能违反地方性法规，面临行政处罚或信用惩戒。

5. 民事责任与合同违约

若设计不科学导致农田无法达到预期产量或使用功能，建设单位可能因违反与农户或政府的合同约定（如《高标准农田建设合同》）而承担违约责任，包括赔偿损失、返工修复等。

建议：若发现高标准农田设计存在科学性问题，可先通过行政投诉（向农业农村部门或自然资源部门举报）或民事诉讼（要求设计单位或建设单位承担责任）途径维权。具体操作需结合设计缺陷类型、证据充分性及当地司法实践综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。