结论：公司名义房产交契税时，第三方付款的合法性主要取决于付款行为的性质、目的以及是否符合相关法律法规的规定。在一般情况下，如果第三方付款行为符合法律法规，且能够证明该付款行为是合法、有效的，那么这种付款方式是合法的。

详细分析：

1. 付款行为的性质与目的：

   • 契税是房产交易过程中必须缴纳的税费，其缴纳主体通常是房产的买方或受让方。在公司名义购买房产的情况下，公司作为买方，有义务缴纳契税。
   • 如果第三方（如公司的关联方、合作伙伴或个人）愿意为公司代缴契税，这种行为本身并不违法，但关键在于这种付款行为是否出于合法目的，且是否得到了公司的明确授权或认可。

2. 法律法规的遵循：

   • 根据《中华人民共和国契税法》等相关法律法规，契税的缴纳应当遵循法定程序和规定。第三方代缴契税时，必须确保缴纳过程符合法律法规的要求，如使用正确的纳税申报表、提供完整的缴税资料等。
   • 如果第三方代缴契税时存在违法行为，如偷逃税款、伪造缴税资料等，那么这种付款行为就是非法的，并可能面临法律制裁。

3. 付款行为的证明与记录：

   • 为了确保第三方付款行为的合法性和有效性，公司应当与第三方签订明确的协议或合同，约定付款的具体事项、金额、时间等，并保留好相关的付款凭证和记录。
   • 这样，在税务机关进行税务稽查或审计时，公司能够提供充分的证据证明第三方付款行为的合法性和有效性。

4. 可能的法律后果：

   • 如果第三方付款行为被认定为非法或无效，公司可能面临补缴税款、加收滞纳金、罚款等法律后果。
   • 在严重情况下，如果公司涉及偷逃税款等违法行为，还可能面临刑事责任的追究。

建议：

• 在公司名义购买房产并缴纳契税时，如果考虑由第三方代缴，建议公司事先与第三方进行充分沟通，明确付款的具体事项和责任划分。
• 公司应当确保第三方代缴契税的行为符合法律法规的要求，并保留好相关的付款凭证和记录。
• 如果对第三方代缴契税的合法性存在疑虑或不确定，建议公司咨询专业的税务律师或税务机关，以获取更准确的法律意见和指导。

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