结论：公司是否可以用员工的年假来补综合工时制下的工时短缺，需分情况讨论，若双方协商一致且符合法律规定，是可以的；若未经协商或违反法律规定，则不可以。以下为详细分析：
一、综合工时制与年假的基本规定
综合工时制：
- 综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
- 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
年假：
- 年假是职工根据工作年限享受的带薪休假制度。
- 职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。
二、公司是否可以用年假补工时短缺
协商一致的情况：
- 如果公司因生产需要，在综合工时制下出现工时短缺，且希望与员工协商使用年假来补足工时，这在双方协商一致且符合法律规定的前提下是可行的。
- 例如，公司可以与员工沟通，说明因生产旺季需要加班，但考虑到员工的休息权益，提出用年假来抵扣部分加班时间，同时确保员工的总工作时间不超过法定标准，且年假的使用符合公司规定和法律规定。
未经协商或违反法律规定的情况：
- 如果公司未经员工同意，单方面决定用年假来补足工时短缺，这是违法的。年假是员工的合法权益，公司无权单方面剥夺或变更。
- 另外，即使双方协商一致，如果使用年假补足工时后，员工的总工作时间超过了法定标准（如平均日工作时间超过8小时，或平均周工作时间超过40小时），这也是违法的。因为综合工时制虽然允许在一定周期内灵活安排工作时间，但平均工作时间仍需符合法定标准。
三、法律建议
对于公司：
- 在实施综合工时制时，应合理规划工作时间，避免出现工时短缺的情况。
- 如果确实需要加班，应与员工充分沟通，协商确定加班时间和补偿方式，确保符合法律规定。
- 不得未经员工同意，单方面决定用年假来补足工时短缺。
对于员工：
- 应了解自己的年假权益和综合工时制的相关规定。
- 如果公司提出用年假来补足工时短缺，应与公司充分沟通，确保自己的权益不受侵害。
- 如果公司未经同意单方面决定用年假补足工时，或使用年假后总工作时间超过法定标准，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
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