员工怀孕休假公司不给最低工资是违法的。以下是对此问题的详细法律分析：

1. 孕期的特殊保护
   根据《女职工劳动保护特别规定》第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。这一规定明确了女职工在孕期享有特殊的劳动保护权益，公司不能因为女职工怀孕休假就降低或停发工资，包括最低工资。

2. 工资支付的法定要求
   《中华人民共和国劳动合同法》第三十条以及《中华人民共和国劳动法》第五十条均规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，且工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这意味着，无论女职工是否因怀孕休假，公司都有义务按时足额支付其工资，包括最低工资。

3. 关于病假工资的特殊情况
   如果女职工因怀孕需要保胎休息，且医生出具了病假证明，那么根据相关规定，女职工在病假期间应享受病假工资。病假工资通常不低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异）。如果公司连这个标准都达不到，或者完全停发工资，那么也是违法的。

应对措施：

面对公司违法不给最低工资的行为，女职工可以采取以下措施维护自己的合法权益：

• 沟通协商：首先尝试与公司进行沟通协商，明确表达自己的诉求，要求公司按照法律规定支付最低工资或病假工资。
• 投诉举报：若协商无果，女职工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，要求公司支付被扣除的工资，并接受相应的法律处理。
• 申请仲裁或诉讼：若对劳动监察部门的处理结果不满意，女职工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；必要时，可依法向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 女职工在孕期应保留好相关证据，如医生出具的病假证明、与公司沟通的记录等，以便在维权时提供有力支持。
• 如果公司存在其他违法行为，如辞退、解除劳动合同等，女职工也可以依法维权，要求公司承担相应的法律责任。

总之，员工怀孕休假公司不给最低工资是违法的，女职工应依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。