结论：病假休三个月并不意味着用人单位就可以直接开除员工，是否可以开除取决于多种因素，包括医疗期是否结束、员工能否从事原工作或另行安排的工作，以及是否违反公司规章制度等。
详细分析：
医疗期内的保护：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会根据其实际工作年限和在本单位的工作年限享受一定期限的医疗期，这个期限可能是三个月到二十四个月不等。在医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同。
- 如果员工在医疗期内，即使病假已经休了三个月，用人单位也不能仅凭此理由开除员工。若用人单位违法解除，员工有权要求继续履行合同或主张双倍经济赔偿金。
医疗期满后的处理：
- 当医疗期满后，如果员工能够从事原工作，用人单位不得以此为由解除劳动合同。
- 如果员工不能从事原工作，但能从事用人单位另行安排的工作，同样不得解除劳动合同。
- 如果员工在医疗期满后既不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位可以依法解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付一个月工资作为代通知金，并依法支付经济补偿金。
违反公司规章制度的情况：
- 如果员工在病假期间存在严重违反公司规章制度的行为，如长期旷工（未按规定请假续假）、利用病假从事与养病无关的活动等，用人单位有权依据规章制度进行处理，甚至解除劳动合同。但这种情况需要用人单位有充分的证据证明员工的行为确实违反了规章制度。
建议与注意事项：
- 了解权益：员工应了解自己的医疗期权益和用人单位的规章制度，确保在病假期间合法权益不受侵害。
- 规范请假：员工应按照用人单位的规章制度履行请假手续，并提供真实有效的病假证明。
- 保留证据：员工应保留好病假证明、与用人单位的沟通记录等证据，以备不时之需。
- 协商解决：如果用人单位提出解除劳动合同的要求，员工可以与用人单位进行协商，寻求妥善的解决方案。如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
示例说明：
假设员工A在公司工作了五年，因患病需要停止工作医疗，根据规定享受了六个月的医疗期。在医疗期内，即使A已经休了三个月的病假，公司也不能开除A。如果医疗期满后，A仍然不能从事原工作，但公司为其安排了其他合适的工作，A能够胜任，那么公司也不能开除A。只有当A既不能从事原工作，也不能从事公司另行安排的工作时，公司才可以依法解除劳动合同。
总之，病假休三个月并不意味着用人单位就可以直接开除员工。是否可以开除取决于多种因素，员工应了解自己的权益和用人单位的规章制度，并在必要时寻求法律帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。