针对员工以孕吐为由恶意请病假的情况，企业需谨慎处理，既要保障员工合法权益，也要维护正常管理秩序，具体处理方式如下：

1. 核实病假真实性
   企业无权直接要求员工提供病历或诊断证明（涉及隐私），但可依据规章制度要求员工提交医院出具的病假建议书（需加盖医院公章）。若员工仅口头陈述孕吐但无法提供有效证明，企业可按旷工处理；若员工提供虚假证明，可依据《劳动合同法》第39条以“严重违反规章制度”解除劳动合同，但需确保规章制度中明确规定“提供虚假病假材料属于严重违纪”。

2. 区分“孕吐”与“恶意病假”
   孕吐是孕期常见生理反应，但若员工频繁以孕吐为由请病假且无合理医学依据（如短期连续请假超过医生建议期限、请假时间与医院建议不符等），企业可要求员工配合复查（如指定医院复检）。若复查结果与员工主张不符，企业可依据规章制度处理；若员工拒绝复查，可视为“无正当理由拒不提供劳动”，按旷工处理。

3. 合法合规的制度依据
   企业需在规章制度中明确：

   • 病假申请流程（如提前报备、提交材料时限）；
     
   • 虚假病假的处理后果（如警告、扣薪、解除合同）；
     
   • 孕产期员工的特殊保护条款（如不得因孕吐等生理原因歧视或变相调岗）。
     制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因程序违法被认定无效。

4. 避免歧视风险
   企业不得以“孕吐”为由直接拒绝病假申请或降低工资，否则可能构成《就业促进法》第27条规定的“性别歧视”。若员工孕吐严重需长期休养，企业应引导其依法申请医疗期（根据工龄享受3-24个月不等），医疗期内不得解除合同且需支付病假工资（不低于当地最低工资的80%）。

5. 协商与沟通优先
   建议企业先与员工沟通，了解其实际困难（如是否需调整工作岗位或工作时间），尽量通过协商解决。若员工确属恶意病假，再依据制度处理，避免激化矛盾。

风险提示：孕期女职工受《妇女权益保障法》《劳动合同法》等特殊保护，企业处理时需严格遵循程序，保留书面证据（如请假记录、复查通知、规章制度公示材料等），否则可能面临违法解除赔偿（2N）或行政处罚。如有具体案例或证据材料，可进一步向我咨询细节。