结论：宅基地转让款退给对方后，协议是否有效需根据具体情况判断。若原协议存在无效情形，则退款行为不影响协议自始无效的法律后果；若原协议有效，退款可能构成双方协商解除合同的结果，但需注意法律程序和证据留存。以下从不同角度详细分析：

一、原协议无效的情形及后果

若宅基地转让协议本身存在无效情形（如向本集体经济组织以外成员转让、未遵循法律程序、协议内容违法等），根据《中华人民共和国民法典》第一百五十五条，该协议自始没有法律约束力。此时，即使转让款已退给对方，协议仍无效，双方需依法承担相应责任，并可能面临恢复原状、赔偿损失等后果。

具体情形包括：

1. 向本集体经济组织以外成员转让：宅基地使用权转让对象必须是本集体经济组织成员。非本集体经济组织成员（如城镇居民或其他集体经济组织成员）参与的转让协议通常无效。
2. 未遵循法律程序：宅基地转让需经本集体经济组织同意，并办理宅基地使用权变更登记。若未履行这些程序，转让协议的有效性将受到影响。
3. 协议内容违法：如转让协议中存在违反土地管理法、合同法等法律法规的强制性规定，该协议将被视为无效。

后果：根据《民法典》第一百五十七条，协议无效后，行为人应返还因该行为取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错方需赔偿对方损失；双方均有过错的，各自承担责任。因此，若原协议无效，退款行为只是履行了返还财产的义务，不影响协议自始无效的法律后果。

二、原协议有效的情形及退款影响

若宅基地转让协议本身有效（如同一集体经济组织内部成员之间转让，且符合相关条件），但双方协商一致决定退款并解除合同，则退款行为构成双方协商解除合同的结果。此时，协议因双方协商一致而解除，但需注意法律程序和证据留存。

具体情形包括：

1. 同一集体经济组织内部成员之间转让：符合“一户一宅”原则，且经过集体经济组织同意，并遵循了法定程序（如签订正式的转让协议，并向当地土地管理部门申请宅基地使用权变更登记）。
2. 双方协商一致解除合同：在协议有效的情况下，双方可能因各种原因（如政策变化、个人原因等）协商一致决定退款并解除合同。

后果：若双方协商一致解除合同，则协议因解除而终止，双方不再履行协议中的权利和义务。但需注意，解除合同需遵循法律程序，如签订解除协议、办理相关手续等。同时，为避免后续纠纷，建议双方留存好退款凭证、解除协议等证据。

三、法律建议

1. 审查协议有效性：在退款前，务必审查宅基地转让协议的有效性。若协议存在无效情形，则退款行为不影响协议自始无效的法律后果；若协议有效，则需考虑退款是否构成双方协商解除合同的结果。
2. 遵循法律程序：无论协议是否有效，退款行为都需遵循法律程序。如办理相关手续、签订解除协议等。同时，为避免后续纠纷，建议双方留存好相关证据。
3. 咨询专业律师：宅基地转让涉及复杂的法律问题，建议在进行相关操作前咨询专业律师。我可以为你提供详细的法律咨询和风险评估，确保你的权益得到保障。

示例：假设甲将宅基地转让给乙（同一集体经济组织成员），并签订了转让协议。后因政策变化，双方协商一致决定退款并解除合同。此时，甲需将转让款退给乙，并签订解除协议。若双方遵循了法律程序并留存了相关证据，则该退款行为构成双方协商解除合同的结果，协议因解除而终止。