结论：用人单位在试用期结束后以能力不足为由，再延续三个月合同的做法，一般是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、试用期期限的法律规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。在您描述的情况下，签了三年的劳动合同，试用期三个月是符合法律规定的上限，但试用期结束后，用人单位不能再以任何理由延长试用期。
二、试用期结束后的合同处理
试用期考核与转正：
- 试用期结束后，用人单位应当根据劳动者在试用期内的表现进行考核。
- 如果劳动者表现符合录用条件，用人单位应当及时办理转正手续，签订正式的劳动合同（如果之前未签订正式合同的话，此时应视为已签订无固定期限或固定期限的正式合同，具体取决于原合同的约定和双方的选择）。
以能力不足为由的处理：
- 如果用人单位认为劳动者在试用期内表现不符合录用条件，应当在试用期内提出，并按照法律规定解除劳动合同。
- 试用期结束后，用人单位不能再以能力不足为由解除劳动合同或延长试用期。如果用人单位这样做，将构成违法解除劳动合同或违法延长试用期，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任。
三、用人单位违法行为的法律后果
违法解除劳动合同：
- 如果用人单位在试用期结束后以能力不足为由解除劳动合同，且无法提供充分证据证明劳动者不符合录用条件，将构成违法解除劳动合同。
- 劳动者有权要求用人单位继续履行劳动合同或者支付赔偿金（按照经济补偿标准的二倍计算）。
违法延长试用期：
- 如果用人单位在试用期结束后延长试用期，将构成违法延长试用期。
- 劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位改正违法行为，并可能获得相应的赔偿（如违法延长试用期期间的工资差额等）。
四、建议与行动
与用人单位沟通：
- 如果您遇到这种情况，首先建议与用人单位进行沟通，明确表达您的立场和诉求。
- 要求用人单位提供您不符合录用条件的证据，并解释为何在试用期结束后才提出。
收集证据并投诉：
- 如果沟通无果，建议您收集相关证据（如劳动合同、试用期考核记录、用人单位的通知等）。
- 向当地劳动行政部门投诉，要求用人单位改正违法行为并承担相应的法律责任。
寻求法律援助：
- 如果您需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总结：试用期结束后，用人单位不能再以能力不足为由延长试用期或解除劳动合同。如果用人单位这样做，将构成违法行为，您有权要求用人单位承担相应的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。