结论：仅从姑姑和两个侄女登记了拆迁协议，而由两个侄女登记房产证这一行为本身来看，不一定不合法，但需要满足一定条件，且要依法办理相关手续。
合法性分析
- 若姑姑自愿放弃房产份额
- 如果姑姑在拆迁协议签订后，基于自身意愿，明确表示放弃对于拆迁后所获房产的相关权益，并且有书面声明或者其他能够证明其真实意思表示的证据，那么两个侄女登记房产证是合法的。例如姑姑签署了自愿放弃房产份额的协议，该协议内容合法、双方意思表示真实且不存在欺诈、胁迫等情形。
- 若涉及家庭内部约定或继承等情况
- 家庭内部约定：如果家庭内部有关于拆迁房产分配的约定，比如家庭会议决议等，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和第三人利益，那么按照约定由两个侄女登记房产证也是合法的。例如家庭成员共同商议决定将房产分配给两个侄女，并形成了书面的家庭协议。
- 继承情况：假如姑姑去世，且其没有遗嘱指定其他继承人，按照法定继承顺序，侄女并非第一顺序继承人（第一顺序继承人为配偶、子女、父母），但如果存在代位继承等特殊情况，或者姑姑通过遗嘱将房产份额指定由侄女继承，在完成继承相关手续后，两个侄女登记房产证也是合法的。
- 若存在欺诈、胁迫等非法情形
- 如果两个侄女通过欺诈、胁迫等手段，使姑姑在违背真实意思的情况下签订拆迁协议或者同意由她们登记房产证，那么这种行为是违法的，姑姑可以通过法律途径主张撤销相关协议或者登记行为。例如侄女们虚构事实，让姑姑误以为不签订协议或者不答应登记房产证会有严重后果，从而做出不真实的意思表示。
办理手续
- 确认产权归属
- 首先需要明确姑姑和两个侄女在拆迁协议中的权利义务关系，以及最终房产的归属情况。如果姑姑放弃份额，需要有姑姑的书面放弃声明；如果是基于家庭约定或者继承，要有相关的协议或者继承文书。
- 准备相关材料
- 拆迁协议原件：这是证明房产来源和各方权利义务的重要文件。
- 身份证明：姑姑和两个侄女的身份证原件及复印件。
- 放弃声明或相关协议：如姑姑的放弃声明、家庭内部关于房产分配的协议等。
- 如果是继承情况：还需要提供死亡证明、亲属关系证明、遗嘱（如有）等相关继承材料。
- 办理房产登记手续
- 携带上述材料前往当地的不动产登记中心，填写房产登记申请表，提交材料。不动产登记中心会对提交的材料进行审核，如果材料齐全、符合法律规定，会受理申请并进行登记，最终为两个侄女颁发房产证。
如果在办理过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。