核心结论：房屋拆迁合同协议上写了母女两人的名字，后续房产证的办理及产权归属需根据具体情况来确定，以下分情况说明：

1. 若拆迁房屋原本就属于母女共有

   • 产权证办理：在这种情况下，拆迁合同上写母女两人名字是合理的，后续办理房产证时，一般也应按照共有财产来办理。母女双方需要共同向房地产管理部门提交相关材料，如拆迁合同、身份证明、共有协议（如果有）等，申请办理共有房产证。房产证上会明确记载母女两人为共有人，以及各自的份额（如果约定了份额的话）。
   • 产权归属：房屋产权归母女两人共同所有，两人在处置房屋时，如出售、出租等，需要共同协商并达成一致意见，任何一方不得擅自处分共有财产。

2. 若拆迁房屋原本只属于母亲或女儿一方所有

   • 产权证办理
     • 赠与或约定情况：如果在拆迁前，房屋所有权人通过赠与、遗嘱等方式将房屋部分产权转移给另一方，或者双方有书面约定拆迁后房屋为共有，且该赠与或约定符合法律规定（如进行了公证等），那么拆迁合同上写母女两人名字是具有合法依据的。后续办理房产证时，同样按照共有财产办理，需提交拆迁合同、身份证明、赠与协议或共有约定等相关材料。
     • 无合法依据情况：如果拆迁房屋原本只属于一方所有，且另一方没有合法依据（如未支付对价、未获得赠与等）而出现在拆迁合同上，这可能会引发产权纠纷。在这种情况下，需要先通过协商、调解或诉讼等方式明确产权归属，再根据最终的产权归属结果来办理房产证。如果最终确定房屋仍归原所有权人所有，那么房产证将只登记原所有权人的名字；如果确定另一方也享有部分产权，则按照共有财产办理房产证。
   • 产权归属：根据上述不同情况，产权归属可能为一方所有或母女共有。如果是一方所有，该方对房屋享有完整的处分权；如果是共有，则需按照共有规则来处置房屋。

3. 特殊情况考虑

   • 政策因素：某些地区在房屋拆迁和产权办理方面可能有特殊的政策规定，如对共有产权的认定、办理流程等有特殊要求。因此，在办理房产证时，需要了解并遵守当地的相关政策。
   • 家庭内部协议：母女之间可能存在家庭内部协议，对拆迁房屋的产权归属、分配等进行了约定。如果该协议不违反法律规定，且双方都认可，那么在办理房产证时可以作为重要的参考依据。但如果协议存在争议或违反法律规定，则可能无法得到法律的支持。