结论：重大立功原先被拘役三个月的案件，是否会被不起诉，需结合具体案情、立功表现及法律规定综合判断，无法直接给出“会”或“不会”的绝对结论。以下从法律框架、立功认定、不起诉条件三个角度展开分析：

一、法律框架：拘役与不起诉的关联性

根据《刑法》第四十二条，拘役是短期自由刑，期限为1个月以上6个月以下，适用于犯罪情节较轻的犯罪分子。而《刑事诉讼法》第一百七十七条规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院可作出不起诉决定。
关键点：拘役本身不直接决定是否不起诉，但若案件存在法定或酌定不起诉情形（如立功、自首、犯罪情节轻微等），则可能触发不起诉程序。

二、立功的认定与效力

1. 重大立功的标准
   根据《刑法》第六十八条及司法解释，重大立功通常指：

   • 揭发他人重大犯罪行为（如可能判处无期徒刑以上刑罚）；
     
   • 提供重要线索，从而得以侦破其他重大案件；
     
   • 协助抓捕其他重大犯罪嫌疑人；
     
   • 其他对国家和社会有重大贡献的行为（如阻止重大犯罪发生）。
     举例：若犯罪嫌疑人检举了某贩毒团伙的核心成员，导致该团伙被摧毁，可能被认定为重大立功。

2. 立功的效力

   • 量刑层面：根据《刑法》第六十八条，有重大立功表现的，可以减轻或免除处罚。
     
   • 程序层面：若立功表现足以证明犯罪情节轻微，可能成为检察院不起诉的依据。

三、不起诉的条件与程序

1. 法定不起诉
   根据《刑事诉讼法》第十六条，若案件存在以下情形，检察院应作出不起诉决定：

   • 犯罪已过追诉时效期限；
     
   • 经特赦令免除刑罚；
     
   • 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉；
     
   • 犯罪嫌疑人、被告人死亡；
     
   • 其他法律规定免予追究刑事责任。
     分析：重大立功不属于法定不起诉情形，但可能通过“犯罪情节轻微”路径触发酌定不起诉。

2. 酌定不起诉（相对不起诉）
   根据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院可作出不起诉决定。
   关键点：

   • 若重大立功导致犯罪情节被评价为“轻微”，且符合“不需要判处刑罚或免除刑罚”条件，检察院可不起诉；
     
   • 需结合犯罪性质、社会危害性、立功贡献度等综合判断。
     举例：某盗窃案中，犯罪嫌疑人盗窃金额较小，且主动退赃，又检举了其他重大犯罪，检察院可能以“犯罪情节轻微+重大立功”为由不起诉。

3. 证据不足不起诉（存疑不起诉）
   若案件证据不足，检察院可作出不起诉决定，但与立功无关，此处不展开。

四、实务中的考量因素

1. 立功的真实性与贡献度
   检察院会严格审查立功材料的真实性、立功行为与案件侦破的关联性，避免虚假立功。
   风险点：若立功被认定不成立，可能失去不起诉机会。

2. 犯罪性质与社会危害性
   即使有重大立功，若犯罪性质恶劣（如故意杀人、贩毒等），检察院仍可能提起公诉，但在量刑时从轻或减轻处罚。

3. 被害人的意见
   在部分案件中，检察院会听取被害人意见，若被害人强烈反对不起诉，可能影响决定。

五、建议与行动方向

1. 立即委托律师介入
   律师可协助收集、固定立功证据（如检举材料、抓捕经过等），并向检察院提交不起诉法律意见书。

2. 争取“犯罪情节轻微”的认定
   结合犯罪金额、主观恶性、社会危害性等，论证案件符合酌定不起诉条件。

3. 关注量刑协商空间
   若检察院倾向于起诉，可争取通过认罪认罚从宽制度，结合立功表现，争取缓刑或更轻刑罚。

总结：重大立功是争取不起诉的重要筹码，但需满足“犯罪情节轻微”等条件。具体案件需结合证据、犯罪性质、社会危害性等综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合案情提供详细分析。