结论：公司设定三个月试用期是否合法，需根据劳动合同期限来判断。具体来说，如果劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。因此，只有当劳动合同期限在三年以上时，设定三个月试用期才是合法的。
分析说明：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限与试用期的长度有明确的对应关系。这是判断试用期合法性的直接法律依据。
不同情况下的试用期长度：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月。这意味着，如果劳动合同期限较短，如半年或九个月，公司设定的试用期不能超过一个月，否则就是违法的。
- 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。对于这类合同，公司可以设定最长两个月的试用期。
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。这是法律允许的最长试用期，只有当劳动合同期限足够长时，公司才能设定这么长的试用期。
违法后果：
- 如果公司设定的试用期超过了法律规定的长度，那么超出的部分将被视为无效，公司可能需要承担相应的法律责任，如支付违法约定试用期的赔偿金等。
建议与行动：
- 对于求职者：在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于试用期的部分。如果发现公司设定的试用期超过了法律规定的长度，可以与公司协商修改，或者向劳动监察部门投诉。
- 对于公司：在设定试用期时，应严格遵守法律规定，根据劳动合同期限合理设定试用期长度。避免因为违法设定试用期而引发不必要的法律纠纷和赔偿责任。
额外提醒：试用期是劳动合同的一部分，受到法律的严格保护。无论是求职者还是公司，都应充分了解并遵守相关法律法规，以确保双方的权益得到保障。如果你在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。