结论前置：

1. 主债权超过执行时效（诉讼时效）并不会直接导致抵押权消灭。
2. 但抵押权人会丧失通过人民法院司法强制保护实现抵押权的权利，这在实际效果上与抵押权消灭有相似之处。

详细分析：

抵押权与主债权的关系

抵押权作为一种担保物权，其存在是为了担保主债权的实现。在主债权未消灭且未经法定程序撤销或确认无效的情况下，抵押权不会因主债权超过诉讼时效而自动消灭。从物权法定的角度来看，物权的设立、变更和消灭都需要由法律明确规定，而法律并未明确规定主债权超过诉讼时效后抵押权即消灭。

主债权超过诉讼时效的法律后果

根据《中华人民共和国民法典》第四百一十九条的规定，抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。这意味着，虽然抵押权没有消灭，但由于主债权已过诉讼时效，抵押权人若向法院请求行使抵押权，法院将不会支持其诉求。此时，抵押人可以主债权已过诉讼时效进行抗辩，使得抵押权人无法通过司法强制力实现其抵押权。

抵押权人丧失司法保护的实际效果

抵押权人丧失通过人民法院司法强制保护实现抵押权的权利，实际上产生了与抵押权消灭类似的法律效果。因为抵押权的核心价值在于通过司法强制力实现债权，如果这一权利丧失，抵押权在实际上就难以发挥其担保作用。然而，需要明确的是，抵押权在法律上仍然存在，只是其实际效力大大减弱。

抵押人自愿履行的情况

如果抵押人在主债权诉讼时效届满后自愿履行担保义务，如主动配合抵押权人实现抵押权，那么抵押人在履行后不能以主债权诉讼时效已过为由要求返还。这是因为抵押人的自愿履行行为构成了对其自身权利的处分，法律尊重并保护这种处分行为。

实践中的挑战与建议

在处理涉及抵押权的问题时，相关当事人应当注意以下几点：

1. 及时行使权利：抵押权人应当在主债权诉讼时效期间内及时行使抵押权，以避免丧失司法保护。
2. 了解抵押物现状：在行使抵押权前，应了解抵押物的现状，包括是否已被他人合法取得或灭失等，以评估抵押权实现的可能性。
3. 咨询专业意见：在处理复杂法律问题时，建议直接向我咨询，以便更准确地把握法律风险和权益。

举例说明：

假设甲向乙借款100万元，丙以自己的房屋为该借款提供抵押担保，并办理了抵押登记。借款到期后，乙在3年的诉讼时效期间内未向甲主张债权，导致诉讼时效届满。此时，若乙向法院起诉要求拍卖丙的房屋以实现抵押权，法院将不会支持乙的请求。然而，如果丙自愿配合乙将房屋进行拍卖并清偿债务，之后丙便不能再以主债权诉讼时效已过为由要求返还相关款项。

法律依据：

• 《中华人民共和国民法典》第四百一十九条：抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。

综上所述，主债权超过诉讼时效对抵押权的影响主要体现在司法保护层面，而非抵押权本身的存灭。在处理相关问题时，建议直接向我咨询，以便更准确地把握法律风险和权益。