孕期请病假或年假通常不会直接被“扣掉”，但具体是否影响休假权益需结合休假类型、公司制度及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 病假与年假的法律性质不同，处理方式有差异

• 病假：属于法定医疗期，受《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》保护。孕期因身体原因需要休病假的，公司必须批准，且医疗期内工资需按不低于当地最低工资标准的80%支付（具体比例可能因地区而异）。病假不会因“扣掉”年假而抵消，两者是独立的休假类型。
• 年假：属于劳动者休息权，根据《职工带薪年休假条例》，职工累计工作满1年即可享受年假。孕期员工若符合条件，仍有权休年假，但公司可根据生产需要统筹安排休假时间（如提前或延后）。年假的休与不休，通常不影响病假权益。

2. 公司制度可能影响休假安排，但需合法

• 部分公司可能在规章制度中规定“病假超过一定天数后，当年年假不再享受”，但此类规定需符合法律限制：
  • 合法性前提：公司制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则对员工不生效。
  • 限制条件：即使制度合法，若员工因孕期疾病必须休病假，公司也不得以“扣年假”为由剥夺其法定医疗期权益。例如，员工因妊娠反应严重需长期休病假，公司不能要求其用年假抵扣病假。

3. 特殊情况：病假与年假的衔接

• 年假优先使用：若员工主动申请休年假，公司可优先安排。但若员工因孕期疾病需立即休病假，公司不得强制其先休年假。
• 病假跨年度处理：若孕期病假延续至下一年度，可能影响下一年度的年假天数（如根据《职工带薪年休假条例》，职工累计工作满1年不满10年的，病假累计2个月以上的不享受当年年假）。但当年已休的年假不会因后续病假被追回。

4. 法律建议

• 保留证据：若公司以“扣年假”为由拒绝批准病假或克扣工资，需保留医疗证明、请假记录等证据，后续可通过劳动仲裁维权。
• 协商优先：孕期员工身体特殊，建议先与公司协商休假安排（如调整年假时间），尽量通过沟通解决问题。
• 咨询专业意见：若公司制度存在争议或权益受损，可直接向我咨询，我会结合具体案情和地区政策为你分析。

总结：孕期请病假或年假的权益受法律保护，公司不得随意“扣掉”年假来抵消病假。但具体操作需结合公司制度、休假类型及法律规定综合判断。如有疑问，欢迎随时向我提问。