结论：农村自建房手续合法且已开工的情况下，被恶意投诉后城管是否一定会停工，这并非绝对，而是取决于投诉内容是否属实、是否涉及违法违规行为以及城管的调查结果。
分析说明：
投诉内容与合法性审查：
- 如果投诉内容完全不属实，即您的自建房手续完全合法，且建设过程中没有违反任何法律法规，那么城管在调查后应不会要求您停工。因为城管的职责是执行相关法律法规，对于合法合规的建设行为，他们无权干涉。
- 如果投诉内容部分属实，例如您的自建房手续虽然合法，但在建设过程中存在某些违规行为（如超出规划范围、未按照批准的设计图纸建设等），那么城管可能会根据违规的严重程度，要求您进行整改或停工。
城管的调查程序：
- 城管在接到投诉后，通常会进行现场调查，核实投诉内容的真实性。他们会检查您的自建房手续是否齐全、合法，以及建设过程中是否存在违规行为。
- 如果调查结果显示您的自建房完全合法合规，城管会出具相应的证明或通知，表明您的建设行为没有问题，可以继续进行。
- 如果调查结果显示存在违规行为，城管会根据违规情况，依法作出相应的处理决定，可能包括要求整改、罚款或停工等。
恶意投诉的处理：
- 如果您认为投诉是恶意的，且没有事实依据，您可以向城管部门提供相关证据，证明您的自建房手续合法且建设过程中没有违规行为。
- 同时，您也可以考虑向相关部门（如公安机关）报案，追究恶意投诉者的法律责任。因为恶意投诉可能构成诽谤或扰乱公共秩序等违法行为。
后续建议：
- 保持沟通：与城管部门保持密切沟通，及时了解调查进展和处理结果。如果城管部门要求您停工或整改，务必了解具体原因和依据，以便有针对性地进行应对。
- 准备证据：提前准备好所有与自建房相关的手续和文件，如土地使用证、规划许可证、施工许可证等，以便在城管部门调查时能够迅速提供。
- 法律途径：如果认为城管部门的处理决定存在错误或不当之处，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果您的自建房位于历史文化保护区、风景名胜区等特殊区域，可能需要遵守更加严格的规划和管理要求。在这种情况下，即使您的手续合法，也可能因为特殊区域的保护规定而面临更多的限制和审查。
行动建议：
- 在面对恶意投诉时，保持冷静和理性，不要与投诉者发生冲突或争执。
- 积极配合城管部门的调查工作，提供必要的证据和资料。
- 如有需要，及时咨询专业律师（即我本人，苏湖城律师，专注于刑事辩护、房产纠纷领域），获取专业的法律意见和帮助。