针对您提出的“村民自建房取得合法审批手续后邻居恶意阻拦怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细、有深度的解答：

首先，当您面临邻居恶意阻拦合法建房的情况时，应保持冷静，避免与邻居发生直接冲突，以免事态进一步升级。接下来，您可以按照以下步骤处理：

一、与邻居协商

1. 尝试沟通：首先尝试与邻居进行友好沟通，了解其阻拦的具体原因和诉求。在沟通过程中，明确表达自己建房的合法性，并尊重邻居的合理意见。
2. 寻求共识：尝试与邻居达成共识，看是否能够通过调整施工方案、给予一定补偿等方式解决其担忧和诉求，从而避免进一步的冲突。

二、寻求基层组织调解

1. 向村委会或居委会反映：如果与邻居的协商未能取得进展，您可以向当地的村委会或居委会等基层组织反映情况，请求他们出面进行调解。
2. 配合调解工作：在基层组织进行调解时，积极配合其工作，提供必要的证据和资料，以便更好地协调双方关系，促使问题得到妥善解决。

三、向行政部门投诉或提起诉讼

1. 向行政部门投诉：如果基层组织的调解仍未能达到预期效果，您可以向当地乡镇人民政府或相关行政部门投诉。行政部门有权对非法阻拦行为进行调查和处理，以维护您的合法权益。
2. 准备证据材料：在投诉或提起诉讼前，务必准备好相关的建房手续和证据材料，如建房审批文件、施工计划、邻居阻挠的视听资料等。这些证据将有力地支持您的主张和诉求。
3. 提起诉讼：若行政部门未能有效处理或您希望通过法律途径解决纠纷，可以向人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，您需要明确自己的诉讼请求和依据的事实理由，并提供充分的证据来支持自己的主张。法院将依法进行审理并作出公正判决。

四、注意事项

1. 依法依规行事：在整个维权过程中，务必遵守法律法规和相关规定，避免自身行为不当引发新的法律问题。
2. 保留证据：无论是协商、调解还是诉讼过程中，都要注意保留好相关证据和资料，以便在必要时使用。
3. 寻求专业帮助：如果您对法律程序或维权途径不熟悉，可以寻求专业律师或法律机构的帮助和支持。

综上所述，当您面临邻居恶意阻拦合法建房的情况时，应首先尝试与邻居协商；协商无果后寻求基层组织调解；若仍无法解决，则可向行政部门投诉或向人民法院提起诉讼。在整个过程中，务必保持冷静、依法依规行事，并准备好相关证据和资料以支持自己的主张。