在综合工时制下，请假一天扣两天年假的做法是否合法及如何计算，需分情况讨论：

1. 若企业规章制度或劳动合同中明确约定了“请假一天扣两天年假”的条款
   根据《劳动合同法》第四条及《职工带薪年休假条例》第五条，企业可通过民主程序制定规章制度，但需满足两个条件：
   
   • 内容合法性：扣除年假的倍数需与请假事由的合理性挂钩。例如，若员工因个人原因请假导致企业需安排其他员工加班完成工作，企业可主张“损失补偿”，但扣除倍数需符合比例原则（如扣除1.5倍年假可能更合理）。直接扣除两倍年假可能被认定为“显失公平”，存在被认定无效的风险。
     
   • 程序合法性：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论、协商确定，并公示或告知员工。若未履行上述程序，即使条款存在，也可能因程序违法而被撤销。
     

结论：若条款合法且程序合规，企业可按约定执行；否则，员工有权主张返还多扣除的年假。

1. 若企业无明确约定，直接扣除两倍年假
   根据《职工带薪年休假条例》第二条，年假是员工的法定权利，企业无权单方面变更或剥夺。若企业未与员工协商一致，直接扣除两倍年假，可能涉及以下违法情形：
   
   • 克扣工资或福利：年假属于劳动报酬的一部分，企业擅自扣除可能违反《劳动法》第五十条关于“不得克扣或无故拖欠劳动者工资”的规定。
     
   • 未提供劳动条件：若企业因员工请假而拒绝安排年假，可能违反《劳动合同法》第三十八条关于“未按照劳动合同约定提供劳动条件”的规定，员工可主张解除合同并要求经济补偿。
     

结论：企业无权单方面扣除两倍年假，员工可要求返还或通过劳动仲裁维权。

1. 综合工时制下的特殊考量
   综合工时制下，员工的工时以周、月、季或年为周期综合计算，但平均日/周工作时间仍需符合法定标准。若员工请假导致企业需安排其他员工加班完成工作，企业可主张“加班费补偿”或“调休”，但需与员工协商一致。直接扣除年假（尤其是双倍）缺乏法律依据，可能被认定为“变相克扣福利”。
   

建议操作：

• 企业应通过民主程序制定合法合规的规章制度，明确请假与年假扣除的关联规则（如按比例扣除）；
  
• 员工在请假前应了解企业规定，若认为扣除不合理，可要求企业出具书面依据并保留证据；
  
• 双方发生争议时，可通过劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁解决。
  

总结：综合工时制下，企业扣除两倍年假的合法性取决于规章制度是否合法有效及是否与员工协商一致。若企业无合法依据，员工有权主张返还；若企业制度合法，员工仍需评估扣除倍数的合理性。具体问题可进一步向我咨询。