违反程序取证的处理方式需结合具体违法情形、证据类型及案件阶段综合判断，以下是分情况说明：
程序违法但未侵害基本权利
若取证程序存在瑕疵（如未全程录音录像、未出示证件等），但未侵犯当事人陈述申辩权、隐私权等基本权利，证据可能被法院采信，但会受到司法审查的严格限制。例如：
- 行政处罚中，行政机关未告知当事人有权申请回避，但证据本身真实合法，法院可能要求行政机关补充说明程序瑕疵不影响实体公正；
- 刑事诉讼中，侦查人员未在询问笔录上签字，但有其他证据佐证询问内容真实，检察院可能要求补正或作出合理解释。
程序违法侵害基本权利
若取证程序严重违法（如刑讯逼供、非法搜查、威胁引诱证人作伪证等），证据将被依法排除，不得作为定案依据。具体包括：
- 刑事诉讼：根据《刑事诉讼法》第56条，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述，以及违反法定程序收集的物证、书证（无法补正或合理解释的），应当予以排除；
- 民事诉讼：根据《民事诉讼法》第68条，以严重侵害他人合法权益、违反法律禁止性规定或严重违背公序良俗的方法形成的证据，不得作为认定案件事实的根据；
- 行政诉讼：根据《行政诉讼法》第43条，被告违反法定程序收集的证据，原告或第三人提出异议且法院确认违法的，不得作为认定行政行为合法的依据。
程序违法导致证据效力争议的救济途径
- 申请非法证据排除：当事人可在庭审前或庭审中提出排除非法证据的申请，法院需启动调查程序，由提供证据的一方证明取证合法性（如出示同步录音录像、证人证言等）；
- 提出程序违法异议：在行政处罚、仲裁等程序中，当事人可针对取证程序违法提出陈述申辩或申请复议，要求撤销或重新调查；
- 追究违法责任：若取证行为涉嫌职务违法（如警察刑讯逼供），可向纪检监察机关举报；若涉嫌犯罪（如非法侵入住宅），可向公安机关报案。
建议：若您面临违反程序取证的问题，需结合具体场景（如刑事辩护、行政争议、民事纠纷）准备证据材料（如取证过程记录、证人联系方式等），并向我详细说明取证主体（公安/法院/行政机关等）、违法情形（如未出示证件/威胁证人等）及证据类型（口供/物证/电子数据等），以便进一步分析证据效力及应对策略。