结论：转让合同中是否明确挂靠公司有权追回被转让人的车辆，需依据合同具体条款、双方约定及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性

• 若合同明确约定：若转让合同中明确写明“挂靠公司有权在特定条件下（如被转让人违约、未支付费用等）追回车辆”，则该条款具有法律效力，挂靠公司有权依据合同主张权利。此时，需审查合同中关于“追回车辆”的具体条件、程序及责任承担方式，确保条款合法有效且不违反公序良俗。
• 若合同未明确约定：若合同未提及挂靠公司有权追回车辆，则挂靠公司无权直接依据合同主张该权利。此时，挂靠公司需通过其他法律途径（如侵权之诉、物权保护等）主张权利，但需承担举证责任，证明其对车辆享有合法权益（如所有权、留置权等）。

2. 挂靠关系的法律性质

• 挂靠协议的独立性：挂靠关系通常通过挂靠协议约定，若挂靠协议与转让合同相互独立，则挂靠公司是否有权追回车辆需依据挂靠协议的具体内容。若挂靠协议明确约定挂靠公司对车辆享有某种权利（如监督权、处置权等），且该权利不违反法律规定，则挂靠公司可能依据挂靠协议主张权利。
• 挂靠与转让的关联性：若转让合同与挂靠协议存在关联（如转让合同是挂靠协议的延伸或补充），则需综合审查两份合同的内容，判断挂靠公司是否有权追回车辆。例如，若转让合同明确约定“被转让人需继续履行挂靠协议中的义务，否则挂靠公司有权追回车辆”，则挂靠公司可能依据该条款主张权利。

3. 车辆所有权的归属

• 所有权明确时：若车辆所有权明确归属于挂靠公司（如挂靠公司出资购买车辆，仅以被转让人名义登记），则挂靠公司作为所有权人，有权依据《民法典》关于物权保护的规定追回车辆。此时，转让合同中关于车辆所有权的约定需与实际情况一致，否则可能因虚假表示或恶意串通而无效。
• 所有权不明确时：若车辆所有权存在争议（如被转让人主张其出资购买车辆，仅挂靠于挂靠公司），则需通过诉讼或仲裁等方式确认所有权归属。在所有权确认前，挂靠公司无权直接追回车辆。

4. 法律后果与建议

• 若挂靠公司有权追回车辆：被转让人需履行合同义务或承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）。若被转让人拒绝履行，挂靠公司可向法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认其权利并追回车辆。
• 若挂靠公司无权追回车辆：被转让人可拒绝挂靠公司的主张，并要求挂靠公司承担违约责任（如因挂靠公司无权追回车辆导致被转让人遭受损失的）。此时，被转让人需保留相关证据（如合同、付款凭证、车辆登记证书等），以证明其合法权益。
• 建议：在签订转让合同时，双方应明确约定车辆所有权的归属、挂靠公司的权利义务及违约责任等内容，避免因条款不明确导致纠纷。若发生纠纷，建议及时咨询专业律师，通过合法途径维护自身权益。

总结：转让合同中是否明确挂靠公司有权追回被转让人的车辆，需结合合同条款、挂靠关系、车辆所有权归属及法律规定综合判断。若您对此存在疑问或需进一步法律帮助，可直接向我咨询。