结论：公司未缴纳社保，但在合同中约定以工资形式发放社保补贴让员工自行缴纳社保的做法不合法。具体分析如下：
从法律强制性规定角度
根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工向社保经办机构申请办理社保登记，并按时足额缴纳社会保险费（包括养老、医疗、失业、工伤、生育五项），非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。
法律明确将缴纳社保定义为用人单位的法定义务，而非可协商的民事权利。即使员工书面同意放弃社保或同意以补贴形式替代，该约定也因违反法律强制性规定而无效。司法实践中，法院通常会认定此类条款属于“以合法形式掩盖非法目的”，直接否定其效力。
从员工权益保障角度
若公司未缴纳社保，员工将面临多重风险：
- 无法享受医保报销、失业金领取、工伤赔偿等法定待遇；
- 养老账户累计年限不足可能影响退休后养老金领取；
- 部分城市（如北京、上海）将社保缴纳与购房、购车、子女入学等资格挂钩，未缴纳可能导致员工丧失相关权益。
而公司发放的“社保补贴”往往远低于实际应缴纳的社保费用（以北京为例，单位每月需承担社保费用约为员工工资的28%-30%），员工自行缴纳时可能因经济压力选择低基数或放弃缴纳，最终损害自身权益。
- 从公司法律责任角度
若公司未缴纳社保，员工可向当地社保部门投诉，社保部门将责令公司补缴，并自欠缴之日起按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由社保部门处欠缴数额1倍以上3倍以下的罚款。
此外，员工若以“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同，公司还需支付经济补偿金（按员工在本单位工作年限，每满1年支付1个月工资）。若员工因此发生工伤、医疗费用等，公司需承担全部赔偿责任。
建议：
- 对员工而言：可要求公司补缴社保，若公司拒绝，可向当地社保局（或税务局，部分地区社保征收职能已划转至税务）投诉，或申请劳动仲裁主张补缴及经济补偿；
- 对公司而言：应立即停止此类违法行为，依法为员工办理社保登记并缴纳费用，避免因小失大承担行政处罚及民事赔偿责任。
如有进一步细节（如公司所在地、工资结构、补贴金额等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。