如果企业被认定偷税，上游企业确实存在被税务机关调查的可能性，但具体是否会被查需结合多种因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 税务机关的调查逻辑与范围

税务机关在查处企业偷税行为时，通常会遵循“全链条调查”原则。若偷税企业通过虚开发票、隐瞒收入等方式转移税负，税务机关可能向上追溯至发票开具方（即上游企业），核实其是否存在配合虚开、隐瞒交易等违法行为。例如：

• 若偷税企业通过虚构采购业务虚开发票，税务机关会核查上游企业是否真实提供货物或服务，以及是否按实际交易申报纳税。
• 若上游企业存在“开票不纳税”或“虚开发票”行为，可能被认定为偷税的共犯或关联方，从而被立案调查。

2. 上游企业被查的常见情形

根据实务经验，以下情况上游企业被查的概率较高：

• 资金流异常：若偷税企业与上游企业之间存在资金回流（如支付货款后通过私人账户转回），可能被认定为虚构交易，税务机关会顺藤摸瓜调查上游企业。
• 发票开具不合规：如上游企业开具的发票与实际业务不符（如无真实货物交易却开具增值税专用发票），或存在“富余票”违规开具行为，可能触发税务机关的预警。
• 行业共性问题：若某行业（如商贸、建材）普遍存在偷税问题，税务机关可能对该行业上下游企业进行集中排查，上游企业难以独善其身。

3. 上游企业如何降低被查风险？

若上游企业希望避免因下游企业偷税被牵连，可采取以下措施：

• 规范业务与发票管理：确保每一笔交易均有真实货物或服务支持，发票内容与实际业务一致，避免“票货分离”或“虚开发票”。
• 完善资金流证据：保留完整的合同、付款凭证、物流单据等，证明交易真实性，避免资金回流或异常转账。
• 定期自查税务合规性：委托专业机构对税务申报、发票开具等环节进行审计，及时发现并纠正潜在风险。

4. 若上游企业被查后的应对建议

若上游企业不幸被税务机关立案调查，可采取以下步骤：

• 配合调查但谨慎陈述：如实提供资料，但避免在未核实事实前承认违法行为（如“我知道下游企业偷税”等表述可能被认定为共犯）。
• 委托专业律师介入：税务案件涉及复杂的法律程序和证据规则，律师可协助分析案件风险、制定应对策略，并代表企业与税务机关沟通。
• 争取从轻或减轻处罚：若上游企业存在被动配合、不知情等情节，可依据《税收征收管理法》及《行政处罚法》争取从宽处理。

总结：企业偷税案件中，上游企业是否被查取决于交易真实性、资金流合规性及税务机关的调查重点。建议上下游企业均加强税务合规管理，避免因他人违法行为牵连自身。若您或您的企业涉及类似问题，可直接向我咨询具体应对方案。