结论前置：拒绝加班被扣工资通常是不合法的，劳动者有权依法维护自己的合法权益。以下从法律依据、合法与违法情形、特殊情况及维权建议等角度进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》相关规定：
- 第四十一条：用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。这表明加班需经双方协商一致，并非用人单位单方面决定。
- 第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这明确了加班应获得相应的加班报酬，而非通过扣工资来“补偿”。
《中华人民共和国劳动合同法》相关规定：
- 第三十一条：用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。进一步强调了用人单位不得强迫加班及应支付加班费的要求。
二、合法扣除工资的情形与拒绝加班被扣工资的违法性
合法扣除工资的情形：
- 法定代扣代缴情况：如个人所得税、社会保险费用等应由劳动者个人承担的费用，用人单位可以依法代扣代缴。
- 合同约定或规章制度规定的合理扣除：如果劳动合同中有明确约定，或者用人单位经过民主程序制定的规章制度中规定了合理的扣除事项（如违反公司考勤制度达到一定次数后扣除一定金额的全勤奖等），且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以按照约定或规定进行扣除。但此类扣除必须有明确的依据和标准，并向劳动者公示告知。
拒绝加班被扣工资的违法性：
- 未经协商强制加班并扣工资：用人单位未与员工协商就强行要求加班，员工拒绝后却以此为由扣发工资，这是典型的违法行为。
- 以不合理理由扣工资作为惩罚手段：有些用人单位将员工拒绝加班视为“不听话”“不配合”的表现，通过扣工资来惩罚员工，这种规定本身就是不合理的，以此为依据扣工资更是违法的。
三、特殊情况下的加班与工资处理
尽管劳动者有权拒绝未经协商一致的加班要求，但在以下特殊情况下，劳动者可能需服从加班安排，且用人单位不能因此扣工资：
- 劳动合同约定：如劳动合同中明确约定了劳动者有服从合理加班安排的义务，且加班确实是基于生产经营的紧急需要，不加班会对企业造成重大损失等合理情形。但即便如此，用人单位也应依法支付加班费。
- 法定特殊情况：
- 发生自然灾害、事故或其他威胁人民生命健康和财产安全的情况，需要紧急处理。
- 生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修。
在这些特殊情况下，劳动者应配合加班以保障社会正常运转，但用人单位不能因此扣工资，而应依法支付加班费或安排补休。
四、维权建议
若劳动者因拒绝加班被扣工资，可采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位沟通协商：首先尝试与用人单位沟通，明确表达自己的立场和依据，要求用人单位纠正违法行为并补发工资。
- 向劳动监察部门投诉：若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：若对劳动监察部门的处理结果不满意或用人单位拒不改正，可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
总结与建议：拒绝加班被扣工资通常是不合法的，劳动者应了解自己的权利并在遇到此类情况时积极采取措施进行维权。同时，建议用人单位在安排加班时严格遵守法律规定，与劳动者进行充分协商并依法支付加班费，以维护良好的劳动关系和企业的长远发展。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。