结论：政府专项款修路工程中，若村委会作为拆迁补偿的主体，其补偿行为是否合法需根据具体情况判断，包括村委会是否获得合法授权、补偿标准是否符合法律规定、补偿程序是否合法等。
分析说明：
村委会的补偿主体资格：
- 在政府专项款修路工程中，若拆迁行为由政府主导，且拆迁款来源于政府专项款，那么拆迁补偿的主体通常应为政府或其指定的部门。村委会作为基层群众性自治组织，一般不具备直接进行拆迁补偿的主体资格。
- 例外情况：若村委会在政府授权下，作为拆迁补偿的具体执行者，且其补偿行为符合政府的相关规定和程序，那么村委会的补偿行为可以视为合法。
补偿标准的合法性：
- 拆迁补偿标准应依据相关法律法规和政策规定执行，确保被拆迁人的合法权益得到保障。若村委会的补偿标准低于法定标准或未按照法定程序进行补偿，则可能构成违法。
- 具体标准：补偿标准通常包括房屋价值补偿、搬迁费用补偿、临时安置费用补偿等，具体标准应参照当地政府发布的拆迁补偿政策或相关法律法规。
补偿程序的合法性：
- 拆迁补偿程序应公开、透明、合法，确保被拆迁人的知情权、参与权和申诉权得到保障。若村委会在补偿过程中存在隐瞒信息、强制拆迁、未给予合理补偿等违法行为，则可能构成程序违法。
- 程序要求：补偿程序通常包括发布拆迁公告、进行房屋评估、签订补偿协议、支付补偿款等环节，每个环节都应符合法律法规的规定。
法律建议：
对于被拆迁人：
- 若认为村委会的补偿行为不合法，可首先与村委会进行协商，要求其按照法定标准和程序进行补偿。
- 若协商无果，可向当地政府或相关部门投诉，寻求行政救济。
- 必要时，可依法向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
对于村委会：
- 若作为拆迁补偿的具体执行者，应确保获得政府的合法授权，并严格按照法定标准和程序进行补偿。
- 在补偿过程中，应充分尊重被拆迁人的合法权益，确保补偿行为的公开、透明和合法。
可能后果：
- 若村委会的补偿行为被认定为违法，可能面临政府部门的行政处罚，包括罚款、责令改正等。
- 被拆迁人若因村委会的违法补偿行为遭受损失，可依法要求村委会承担赔偿责任。
行动建议：
- 若您面临此类问题，建议首先收集相关证据，包括拆迁公告、补偿协议、支付凭证等，以证明村委会的补偿行为是否合法。
- 如有需要，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。