关于国有土地使用权转让纠纷是行政案件还是民事案件的问题，这并非一个简单的是非判断，而是需要根据具体情况进行综合分析。

首先，我们要明确的是，在大多数常规的国有土地使用权转让活动中，这类纠纷更倾向于被视为民事案件。这是因为，在典型的转让场景中，一方是代表国家的土地管理部门，另一方则是企业或个人等民事主体。双方基于平等、自愿、等价有偿的原则，就土地使用权的转让进行协商并签订协议。这类协议主要围绕土地这一财产权益进行交易，旨在设立、变更或终止民事权利义务关系，因此更符合民事合同的特征。在这种情况下，如果发生纠纷，通常会通过民事诉讼途径来解决，主要依据的是《中华人民共和国民法典》合同编及相关法律法规。

然而，也存在一些特殊情况，使得国有土地使用权转让纠纷可能被视为行政案件。这主要发生在协议具备行政目的、行政优益权或特定法律依据时。例如，如果协议的签订是基于行政机关行使行政管理职权，旨在实现行政管理或公共服务目标；或者协议内容包含行政机关基于行政管理职能所享有的特殊权力，如监督、指挥、单方变更或解除协议等；又或者根据《土地管理法》及《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》，特定情形下的国有土地使用权转让协议被明确纳入行政协议的范围。在这些情况下，如果发生纠纷，则应通过行政诉讼途径来解决。

为了更准确地判断国有土地使用权转让纠纷的性质，我们需要综合考虑协议的具体内容、签订背景、双方的权利义务设置以及法律法规的规定等多方面因素。例如，如果涉及的是土地权属的争议，即对某块土地的所有权或使用权的归属存在争议，这可能就构成了一个行政案件，而非单纯的民事合同纠纷。

因此，对于国有土地使用权转让纠纷是行政案件还是民事案件的问题，我们不能一概而论。在实际操作中，应仔细审查协议的各项条款和签订背景，咨询专业律师以获取针对性的法律建议和帮助，以确保正确适用法律规范并妥善处理相关争议。