结论：垫资80万3个月收取25万手续费是否合法，不能一概而论，需结合具体情形判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断的核心要素
利率合法性：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷利率的司法保护上限为一年期贷款市场报价利率（LPR）的4倍。以当前LPR（假设为3.45%）为例，4倍上限为13.8%。若手续费25万按年化计算（25万/80万/3个月×12个月=125%），远超法定上限，超出部分不受法律保护。
- 计算公式：
$\( \text{年化利率} = \frac{\text{手续费}}{\text{本金}} \div \text{期限（年）} \times 100\% \)\(
代入数据：\) \frac{25}{80} \div 0.25 \times 100\% = 125\% $。
合同效力：
- 若双方明确约定手续费为“利息”或“资金占用费”，且利率超标，则超出部分无效，但合同其他条款（如本金偿还）仍有效。
- 若手续费被认定为“服务费”“管理费”等变相利息，需合并计算实际利率，仍受LPR4倍限制。
二、可能涉及的法律风险
高利贷风险：
- 若手续费被认定为利息，超出LPR4倍的部分，借款人可拒绝支付，出借人可能面临行政处罚（如《防范和处置非法集资条例》对高利贷的规制）。
合同条款争议：
- 若合同未明确手续费性质，借款人可能主张手续费为“砍头息”（提前扣除利息），要求按实际出借金额（80万-25万=55万）计算本金及利息。
刑事风险：
- 若出借人以非法占有为目的，通过虚构事实、隐瞒真相等手段骗取手续费，可能涉嫌诈骗罪；若经常性向不特定对象放贷并收取高额费用，可能构成非法经营罪。
三、实务建议
对出借人：
- 明确手续费性质，避免模糊表述导致争议。
- 合理设定利率，确保不超过LPR4倍，可通过分期收取服务费等方式降低单次费用比例。
- 签订书面合同，明确本金、期限、手续费标准及支付方式，保留转账记录等证据。
对借款人：
- 仔细审查合同条款，要求出借人明确手续费计算方式及法律依据。
- 若手续费超标，可主张调整或拒绝支付超出部分，必要时通过诉讼确认合同效力。
- 保留所有沟通记录及付款凭证，以防纠纷。
四、特殊情形说明
- 企业间借贷：若双方为企业，利率限制可能更宽松（需结合《最高人民法院关于新民间借贷司法解释适用范围问题的批复》判断），但仍需以合法商业目的为前提。
- 金融牌照：若出借人为持牌金融机构（如银行、小贷公司），手续费标准需遵守其行业监管规定，通常高于民间借贷上限但需公示。
总结：垫资收取手续费是否合法，需以实际利率是否超标为核心判断标准。建议双方在合同中明确费用性质及计算方式，并咨询专业律师审核条款，以规避法律风险。如有具体纠纷，可进一步向我提供合同细节，我将协助分析。